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省卫生厅负责突发重大食物中毒的应急响应及病员救治，依法开展对重大食物中毒的卫生学原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
省农业厅负责组织对重大农产品质量安全事故的调查，依法开展对重大农产品质量安全事故的处理和相关技术鉴定等工作。
省商务厅负责协调有关部门对重大食品安全事故应急救援所需物资的组织、供应，组织对屠宰加工环节以及参与流通领域中重大食品安全事故的调查处理。
省工商局依法开展食品流通环节造成重大食品安全事故违法经营行为的调查处理等工作。
省质监局负责对食品生产、加工环节造成重大食品安全事故原因调查处理和相关技术鉴定等工作。
省教育厅负责协助省卫生厅等部门对校园范围的食堂、学生在校集体用餐造成的重大食品安全事故原因进行调查以及组织应急处理工作。
省环保局负责因污染环境造成重大食品安全事故的违法行为调查及环境监测工作，协调、指导当地人民政府的污染处置工作，对环境违法行为的处理提出意见和建议。
云南出入境检验检疫局、昆明海关在各自职责范围内负责因进出口食品和口岸辖区食品造成重大食品安全事故的通关环节调查处理以及组织应急处理工作。
省公安厅负责组织、指导、协调重大食品安全事故涉嫌犯罪案件的侦破工作。
省政府新闻办按照《国家突发公共事件新闻发布应急预案》和《云南省突发公共事件新闻发布应急预案》的有关规定，负责制定信息发布方案及对外口径，组织协调重大食品安全事故的信息发布、管理及有害信息的封堵工作。
省监察厅负责对国家公务员和国家行政机关任命的其他人员，在造成重大食品安全事故以及应急处理工作中，有失职、渎职等违纪行为的调查，并作出处理决定。
省财政厅负责重大(Ⅱ级)、特别重大(Ⅰ级)食品安全事故应急及善后救援资金保障及管理，并积极争取中央相关部门的支持。
增加的有关成员单位根据工作职责，负责相关工作。
2．1．5 办公室
(1)省应急指挥部办公室是指挥部下设的办事机构，办公室主任由省食品药品监督管理局局长担任，副主任由省农业厅、卫生厅、工商局、质监局、云南出入境检验检疫局的分管领导担任。指挥部办公室人员、办公场地、办公设备、交通工具、通信工具要落实到位，一旦发生重大食品安全事故，省应急指挥部立即进入应急工作状态。
(2)办公室职责：
①贯彻落实省应急指挥部的各项部署，组织实施事故应急处置工作；
②检查督促各地区、各部门做好各项应急处置工作，及时有效地控制事故，防止蔓延扩大；
③研究协调解决事故应急处理工作中的具体问题，必要时决定采取有关控制措施；
④向省政府、省应急指挥部及其成员单位报告、通报事故应急处置工作情况；
⑤为新闻机构提供事故有关信息，必要时接受媒体的专访；
⑥完成省应急指挥部交办的其他任务。
2．1．6 应急处置工作小组组成及职责
省重大食品安全事故应急预案启动后，各工作小组及其成员应当根据预案规定的职责要求，服从省应急指挥部的统一指挥，立即按要求履行职责，及时组织实施应急处置措施，并随时将处理情况报告省应急指挥部办公室。省应急指挥部办公室应当将有关事故以及处理情况及时报告省应急指挥部。
(1)事故调查组
根据事故发生原因和环节，可由食品药品、农业、卫生、工商、质监、检验检疫等部门负责或明确其中一个部门牵头负责，深入调查事故发生原因，作出调查结论，组织协调当地政府职能部门实施救援工作，监督救援措施的落实，评估事故影响，提出事故防范意见。
(2)事故处理组
由事故发生环节的具体监管职能部门为主负责，依法实施行政监督、行政处罚，监督收回有毒有害食品，严格控制流通渠道，及时移送相关案件，依法追究责任人责任。
(3)医疗卫生组
由卫生行政部门负责，迅速组织开展医疗救治、现场流行病学调查、致病原因调查及行政控制等工作。
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