1、高新技术产业发展水平迅速提高。全市高新技术产业销售收入占全市工业销售收入的比例提高到35%以上；高新技术及产品出口提高到60亿美元，若干产品具有国际竞争能力。
2、软件产业规模迅速扩大。软件产业销售收入提高到800亿元，软件出口比重提高到15%以上。南京成为在国内外有重要影响的中国软件名城。
3、科技支撑社会主义新农村建设和社会事业发展能力显著增强。农业新品种覆盖率、农业信息化、农业机械化应用率、人口与健康、生态和环境、资源的有效利用、公共安全等领域科技进步水平在国内处于前列。
4、以企业为主体的产学研合作水平显著提升。企业研究与发展（R&D）经费支出占全社会研究与发展（R&D）经费的50%以上，有90%的大中型工业企业通过自建或与高校、科研院所共建方式，建立企业研发机构。经认定的市级以上企业技术中心提高到100家，建立产学研基地20家。
5、人才高地效应明显体现。全市专业科技人员比例和结构较为合理，高级专业技术人才比重提高到15%，科技创新领军人物比例不断提高。
6、全社会科技投入大幅度增加。全社会研究与发展（R&D）经费占地区生产总值（GDP）的比重提高到3%以上；市、县（区）财政科技投入占本级财政实际支出比例分别提高到4%和3%。
7、自主知识产权数量显著提高。若干科技领域达到世界先进水平。全市年专利申请量提高到12000件，全市年发明专利申请量提高到3500件，年发明专利授权量提高到1700件。形成一批国家驰名商标、国家知名品牌和省级名牌产品。
8、科技服务业的服务能力和水平迅速提升。全市年技术合同登记额提高到60亿元。高校和科研院所应用技术类科研成果实施率超过90%。在孵科技企业4000家，总孵化面积超过100万平方米。
9、公众的科学素养显著提高。公众具备基本科学素养达标率处于全国城市前列。
10、全市科技进步贡献率预期提高到55%，其中工业科技进步贡献率提高到54%，农业科技进步贡献率提高到58%。
四、南京市科技发展重点领域和关键技术
“十一五”期间，南京将紧紧围绕四大支柱产业和五大新兴产业发展，加快农业现代化步伐，加速社会进步及公益事业发展对科技的需求，重点对下列21个重点领域中的66个关键技术群进行攻关。
（一）通信系统
1、主要面向3G的移动终端的研发与产业化，包括双模/多模手机等智能手机产品的研发与产业化。
2、超三代移动通信中MAC及网络层核心技术、物理层核心技术、编码、调制与自适应链路技术、新型天线与射频技术等核心技术攻关及其应用。
3、多层交换技术、光交换技术和设备、ATM与IP技术结合的交换机、WLAN和蓝牙等网络通信交换设备和关键技术攻关及其产业化。
（二）集成电路设计和制造
1、各种微型芯片的设计、集成和制造技术的开发及其产业化。射频、超高速与光电集成电路设计技术的开发及其产业化。
2、微机械系统（MEMS）、真空微电子、光电集成器件和生物芯片的设计和制造技术及其产业化。
3、SoC设计方法、知识产权及验证平台技术的开发和应用，SoC芯片集成技术开发及应用，SoC的可测试性设计技术开发及应用。
（三）轨道交通与智能交通
1、交通群体诱导系统、交通管理信息系统、公交系统智能运营管理系统、车辆辅助安全驾驶系统的开发与推广应用。
2、轨道交通车身设计与制造技术、车载系统、制动系统、减振系统、自动化系统及设备等关键技术攻关与产品产业化。
