整合资源，是南京科技发展的重要途径。需要大力整合和利用区域内各种科技资源，释放人才和科技优势的巨大潜能，形成资源共享、互促发展的机制，充分调动企业、高校和科研院所自主创新的积极性。同时，广泛整合和积极利用国内外各种科技资源，加速提升南京的自主创新能力和科技综合实力。
优化环境，是南京科技发展的重要保障。需要进一步建立完善有利于自主创新的政策环境、人才环境、投融资环境、法制环境和文化环境，营造自主创新的良好氛围。
跨越发展，是南京科技发展的根本目标。需要依靠自主创新，调整经济结构，转变增长方式，加快城乡统筹步伐，提升南京在国内和国际的地位和竞争力，为加快富民强市、实现“两个率先”发挥引领作用，支撑经济社会实现新的跨越式发展。
（三）南京市“十一五”科技发展思路
1、以科技发展必须支撑和引领南京经济社会发展战略目标实现为基本出发点
南京市的科技发展必须以全面实现“十一五”、乃至更长期的国民经济和社会发展目标为出发点，使科技进步在优化产业结构、发展新兴产业、加速社会进步、提升全民素质、建立和谐社会中切实发挥科技的引领和支撑作用。
2、以加强自主创新、不断增强持续创新能力为基本战略定位
应把推动自主创新、不断增强持续创新能力摆在科技工作的突出位置，依托科技和产业优势，吸引境内外各种科技资源，通过原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新，不断增强自主创新能力。
3、以推进企业成为技术创新的主体为重点
要通过明确的财政支持、税收优惠、人才激励等政策，鼓励和支持企业加大技术创新投入，建立研究开发机构，组建以企业为主体的产学研联盟，使其尽快成为吸纳高层次技术创新人才的主体，确立企业技术创新的主体地位。
4、以加快发展科技服务业作为整合创新资源的重要路径
要进一步制定和完善鼓励科技中介服务机构发展的政策，扶持信息服务机构、管理咨询机构、企业孵化器、生产力促进中心等社会化创新服务机构的发展，推进高校、科研院所的重点实验室、工程技术中心、大型仪器设备、人才、信息等各类科技资源向社会开放，提升其科技创新服务能力。
5、以开发一批具有自主知识产权的高新技术产品、提升高新技术产业质量和效益为主要着力点
在加大支柱产业关键技术攻关，提升支柱产业技术水平和竞争力的同时，要采取多种措施充分发挥南京的科技优势和人才资源优势，在软件、生物医药、新材料、新型光电、文化等新兴产业大力培育自主创新能力，形成一批具有自主知识产权的技术、产品和标准。
6、以深化体制机制改革作为增强自主创新能力的动力
以建设企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系为目标，深化科技体制、科技人员分配机制、科技人员创新创业激励机制等改革，突破自主创新的体制和机制瓶颈，最大限度地激发科技创新资源优势，以体制创新和机制创新促进科技创新，为全市自主创新提供动力。
三、南京市科技发展目标
到“十一五”期末，南京区域科技创新体系基本建成，自主创新能力显著增强，科技对南京经济社会发展的支撑和引领作用显著提升，科技综合实力和竞争力显著增强，使南京成为具有较强辐射和带动能力及显著集聚效应的区域性高新技术研发中心和产业化基地，将南京初步建设成为具有较强自主创新能力的创新型城市，为2015年建成处于国内前列、国际上有一定影响的创新型城市奠定基础。
“十一五”期末初步建成创新型城市，预期达到下列目标：
