“十一五”期间，南京要加快构建长江国际航运物流中心、长三角先进制造业中心、全省现代服务业中心、全国重要的科教中心和东部城市绿化中心，在更高层次上深入实施富民强市、科教兴市、依法治市、文化南京、绿色南京五大战略，实现经济社会的全面协调可持续发展，需要加快产业结构调整，转变经济增长方式；需要加快社会发展步伐，显著提高经济和社会的协调发展水平；需要突破资源约束和环境改善压力，积极发展循环经济，大力建设资源节约和环境友好型社会；需要加快城乡统筹发展步伐，建设社会主义新农村，提高城市整体发展能力和综合实力；需要提高参与国际合作和竞争的层次，增强国际竞争力。这对自主创新和科技进步提出了五个方面战略需求。一是南京社会和谐进步与人民生活水平的提高，必须依靠自主创新和科技进步，扩大生产领域和就业空间，显著改善公众的卫生与健康保障条件，提高人口健康水平，提高城市公共交通、安全保障、城市生态和环境保护等方面的科技进步水平，改善人民群众的生活环境和质量；二是南京的产业结构调整和升级及经济增长方式转变，必须依靠自主创新和科技进步大力改造传统产业，积极发展高新技术产业和现代服务业，增强在国内和国际市场上的竞争力，使具有自主知识产权的高新技术产值所占比例明显提高；三是南京节约型社会建设，必须依靠自主创新和科技进步，大力提高能源、水资源、矿产资源及新能源等的开发和利用效率、调整能源消耗方式、结构和效率，积极发展循环经济，有效解决现实发展与生态环境间的矛盾，改善环境质量；四是南京城乡统筹发展和社会主义新农村建设，必须依靠自主创新，抓住当代信息技术和生物技术革命带来的发展机会，大力推进新的农村科技革命，使农业成为具有现代意义上的产业；五是南京参与国际合作与竞争，必须依靠自主创新和科技进步，突破发达国家及其跨国公司的技术垄断，形成一批具有自主知识产权的核心技术、产品和产业关键技术。
“十五”期间，南京市科技发展取得显著成效，但相对丰富的科技资源与相对薄弱的自主创新能力之间的矛盾仍然突出，还面临着多方面迫切需要解决的问题。表现在：科技创新资源有待进一步整合；企业技术创新主体地位有待进一步加强，产学研有效合作机制有待创新；高新技术产业中具有自主知识产权的产品比重有待提高；科技服务业还不能适应科技创新和成果转化工作的要求；高层次科技创新人才还显缺乏等。这些问题都需要在“十一五”期间切实加以解决，以更好地满足经济社会发展对科技发展的战略需求，发挥科技在南京经济和社会发展中的支撑和引领作用。
二、南京市科技发展指导思想和思路
（一）南京市“十一五”科技发展指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实科学发展观，紧紧围绕南京“五大中心”的建设和“五大战略”的实施，以建设创新型城市为目标，以提升自主创新能力为核心，充分发挥南京在人才和科技资源上的优势，大力提升南京的自主创新能力和科技综合实力，依靠科技进步与自主创新走科学发展道路，促进经济结构调整和经济增长方式转变，加速社会进步，加快城乡统筹发展，建设社会主义新农村，提高人民生活水平，全面提升南京的城市竞争力，为建设资源节约型和环境友好型城市、实现“两个率先”、建设“和谐南京”提供强大的科技支撑。
（二）南京市“十一五”科技发展指导方针
南京“十一五”乃至更长期科技发展的指导方针是：突出主体，整合资源，优化环境，跨越发展。
突出主体，是南京科技发展的重要基点。需要采取多种引导和扶持措施，为提升企业自主创新能力创造更好的条件，使企业成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。
