市、县两级人民政府根据本级兽医行政管理部门的建议，启动相应应急预案，采取边调查、边处理、边核实的方式，组织有关部门开展疫情应急处置工作，市级政府兽医行政管理部门应组织专家对疫情应急处理进行技术指导。必要时，可向上级人民政府申请资金、技术和物资援助，有效控制疫情的发展蔓延。
未发生高致病性禽流感疫情的县（市、区），当地兽医行政管理部门接到疫情通报后，要做好人员、物资等应急准备工作，采取必要的预防控制措施，防止高致病性禽流感疫情在本行政区域内发生，并服从市人民政府农业行政管理部门的统一指挥，支援突发高致病性禽流感疫情发生县（市、区）的应急处理工作。
市、县（市、区）、乡（镇、街办）人民政府对本辖区高致病性禽流感应急工作负总责，各级人民政府主要负责人是高致病性禽流感防治工作的第一责任人。
五、应急指挥系统和部门分工
（一）市级应急指挥机构
市防控高致病性禽流感指挥部为应急指挥机构，由太原市人民政府主管副市长任指挥长，市农业局、卫生局局长和各县（市、区）防控高致病性禽流感应急指挥部指挥长为副指挥长。指挥部成员由市政府办公厅、市委宣传部、市发改委、市财政局、市卫生局、市林业局、市科技局、市公安局、市纪检委、市交通局、市农业局、市商务局、市工商局、市食品药品监督管理局、市技术监督局、市民政局、市武警支队、市警备区、市行政执法局、省民航管理局、太原铁路分局等有关单位负责人组成。
指挥部职责是：制定高致病性禽流感防控政策；组织拟定高致病性禽流感防控法规；组织协调和部署全市高致病性禽流感防控工作；配合国家总指挥部、山西省防治高致病性禽流感指挥部扑灭一、二级疫情；指挥扑灭三级疫情；监督县（市、区）指挥部扑灭四级疫情。
指挥机构办公室设在市农业局，负责具体日常工作。
办公室职责是：收集疫情和分析预测发展态势；调配处理疫情所需要的损失补偿和物资；组织、协调、监督各县（市、区）和各有关部门落实本预案；提出启动、停止（解除）三级疫情控制应急措施建议。
（二）县级应急指挥机构
各县（市、区）人民政府设立相应的防控高致病性禽流感应急指挥部，负责本辖区高致病性禽流感的预防和应急处置工作。指挥部办公室设在县（市、区）畜牧兽医行政管理部门。
（三）部门职责分工
高致病性禽流感应急工作由市、县两级政府统一领导，统一指挥，实行属地管理，各有关部门在各自职责范围内做好应急处理的有关工作，坚持预防为主的方针，协调配合，群防群控，形成快速反应，高效运转的工作机制。
