1.省、市(地、州)两级稽查局主要担负所辖范围稽查工作的管理和业务指导，负责专项稽查、专案稽查和本辖区内的交叉稽查的组织实施，重大案件、举报案件的查处和属于省、市(地、州)收入少数重点税源大户的直接稽查。上级稽查部门可以向下级稽查部门交办税务稽查案件。
2.县市级稽查局负责县市直接征收范围内所辖纳税人的日常稽查和本县市税务案件的专项稽查、专案稽查和农村征收分局(所)稽查业务的管理、指导。农村征收分局(所)负责本辖区内的日常稽查。
3.城市分局税务稽查业务归口市(地、州)稽查局管理和指导。城市分局稽查科对辖区内纳税人进行日常稽查。城市分局应明确一个科室对口市稽查局，负责政策业务的上传下达、案件协查、稽查成果统计和报表统计上报以及稽查计算机网络的运用等工作。
4.各级稽查局要由收入型稽查向执法型稽查转变，省、市(地、州)、县三级稽查局对查处的涉税案件所追缴的税款、罚款、滞纳金可以单独缴入国库。稽查局单独缴库的应将收入任务按级次划入主管国税机关。
5.涉外税收、进出口税收的日常稽查由管理涉外税收、进出口税收的业务部门负责，重大税务违法案件、重大避税违法案件和举报案件的查处工作归口同级稽查局负责。
6.加强对税务稽查部门内部的监督，增强制约机制。各级税务稽查部门要严格按照选案、稽查、审理、执行四个环节进行税务稽查实施。税务稽查部门要接受纪检监察、计财等部门的监督，上级税务稽查部门对下级税务稽查部门要进行有效的监督管理。上级税务稽查部门要组织对下级税务稽查部门查办的案件进行抽查。省稽查局对市(地、州)稽查局稽查案件的抽查面不低于3%；市(地、州)稽查局对下级稽查部门查处案件的抽查面不低于5%。稽查部门查处涉税数额达到100万元以上的案件要专案报省稽查局；数额达到200万元以上的案件，下达稽查决定书前应报省稽查局复核。
三、加强税务稽查制度建设
建立健全税务稽查制度，对于有效开展税务稽查工作具有举足轻重的作用，各地应根据社会经济发展和税收征管的新情况，结合税收征管改革方案和税务稽查工作实际，积极制定和完善各项规章制度。
1.各地要建立健全税务稽查业务规程、税务违法案件协查制度、税务违法案件查处制度、税务违法案件审理制度、税务稽查工作报告制度、税务稽查资料的归档制度。
2.建立税务稽查工作考核制度，对税务稽查机构的执法水平，查办案件质量，报表及报告制度执行情况以及计算机运用情况要进行考核。
3.建立税务稽查建议制度。各级稽查机构对于查处的税务违法案件的情况要及时反馈给有关部门，并对一些重大案件，有影响的案件查处过程中发现的政策执行及征管中存在的问题，发出稽查建议给主管征收机关，以促进工作，改善征管。
