(一)由市主管部门处理及补办有关手续的项目：
1、饭店、商厦、写字楼、旅游、别墅、度假村、跑马场、高尔夫球场、赛马场、商品住宅等经营性房地产违法建设项目，无论是未批或区、县有关部门越权审批(包括化整为零审批)的，以及应由市审批的市政配套设施建设等社会公益或公共事业违法用地项目，先由区、县政府组织本区、县计委、规划、建设、房地等部门督促违法单位上报有关补办和重新立项、规划、建设、土地补偿及农民安置等材料和图件并附违法单位责任人的书面检查。区、县政府审核并提出处理意见后，由区、县房地局按项目分期分批报市联合办公室。
2、市联合办公室对各区、县上报的材料及处理意见统一研究，在违法单位交纳罚款和补交土地出让金及有关税费后，报市政府审批，再交各有关部门按有关规定和程序补办有关手续。对于严重违反城市总体规划的非农业建设违法用地，必须限期拆除建筑物，恢复地貌，并予以没收。
(二)由区、县主管部门处理并补办有关手续的项目：
1.未经批准或擅自扩大批准面积取土烧砖、挖沙采石、采矿、建墓、倾倒垃圾废弃物等违法行为，由区、县房地局按照《
北京市实施〈中华人民共和国土地管理法〉办法》(以下简称
《实施办法》)第
43条、
44条的规定处理，依法限期恢复地貌，并处以罚款后，报市联合办公室及有关部门备案。
2.对临时用地使用期满拒不交回的，由区、县房地局按照《
〈实施办法〉罚款处理规定》第
2条的规定，处以非法使用土地每平方米5元的罚款，限期恢复地貌，收回土地使用权。
3.无正当理由征而未用一年以上的土地，由区、县房地(土地)部门按照
《实施办法》第
19条的规定，征收土地荒芜费。其中无正当理由划拨、征用后连续两年以上未使用的国有土地，按照
城市规划法《实施办法》撤消建设规划用地许可证，收回国有土地使用权，注销土地使用证。
