4、部分案件在起诉环节存在缺陷。修改后的刑诉法规定，法院不再有退查权。当庭审中发现证据不足、漏诉事实、起诉罪名不准确等情况时，法院只能要求公诉机关补送证据材料、补充侦查或补充起诉，而公诉机关有时不愿再补充材料，或者补充侦查后不能及时提请恢复庭审，甚至在没有新的证据材料情况下再次起诉。对此，如果宣告无罪或决定按检察院撤诉处理，将有可能放纵犯罪，造成打击不力；如果轻易变更强制措施，则有可能造成犯罪分子脱逃，增加后续工作的难度。人民法院只能推迟审理，造成超审限或被告人羁押时间过长。如盐城的陈某投机倒把案，被告人于1994年10月5日被刑事拘留，9日以后被逮捕，至今在押。1995年12月27日盐城市检察院提起公诉，经法院现两次退查后又于1996年5月2日再次提起公诉，盐城中院在同年5月20日开庭审理了该案。1997年5月9日，盐城市检察院再次补充侦查，取回卷宗材料，1998年8月21日，市检复函中院称案件无法再查。目前本案仍未审结。此类问题普遍存在，是造成超审限案件的重要原因。
5、对被告人检举揭发的查证工作跟不上办案进度，影响案件审限。经济犯罪案件中被告人检举揭发他人犯罪的情况时有发生，对被告人的定罪量刑有重大影响。法院必须推迟审理，等待查证结果。但是，侦查机关由于各种原因往往不能及时做出查证结论，导致案件超审限。如张家港的曹某虚开增值税发票案，在被告人提供他人犯罪重要线索后，检察院的查证工作迟迟未能落实，后经苏州中院通过苏州市反贪局与张家港市反贪局协调，且张家港法院向该市反贪局做工作，该案的查证工作才得以顺利开展。
6、赃物估价工作的复杂性延长了审理周期。这个问题，南京地区的法院反映很大。对赃物估价问题，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、
国家计委《关于统一赃物估价工作的通知》只规定了公、检、法机关对价格不明或者价格难以确定的财物应当估价，并未对各自责任予以明确。由于赃物估价工作有很多实际困难，如手续繁多、赃物分散在外地、估价鉴定结论不能及时做出、估价鉴定费用要从办案经费中支出等等，所以公、检、法三家在估价工作中往往互相推诿，以致大部分案件的赃物估价工作由人民法院承担，无形中增加了审限内结案的难度。如南京的华某等人诈骗案，该案被扣赃款赃物价值三千余万元，包括深圳、重庆等多处房产。因专案组及公诉机关始终未对赃物估价，南京中院在审理期间花费了大量人力物力及时间对这些房产进行估价，明确了赃物的价值，保护了国有资产，但也大大延长了案件的审理周期。
