各局在对软件纳税人1999年7月1日以后缴纳的税款办理清算时，应将其软件原应税销售额及销项税额合计数，重新换算为按简易计税办法计算的应税销售额，应退税款计算公式为：
应退税款＝原入库税款－(原应税销售额+销项税额)÷1.06×6％
(五)软件纳税人收到主管税务机关退回的清算退税款，在进行会计处理时，暂比照财政部财会字[1995]6号通知规定，借记“银行存款”科目，贷记“补贴收入”科目。
(六)对选择按简易计税办法缴纳增值税的软件纳税人兼营其他货物或应税劳务，或将软件产品随同计算机网络、计算机硬件、机器设备一并销售的，应按国税发[1999]156号通知第四条规定，分别核算不同税率、征收率产品的销售额，分别按适用税率或征收率计算缴纳增值税并开具增值税专用发票。软件产品所发生的进项税额不得抵扣，如不能准确划分的，应按以下顺序确定当期不得抵扣的进项税额：
1.按当期实际生产成本计算应扣减的进项税额；
2.按销售额比例法计算应扣减的进项税额。
(七)各局应加强对软件纳税人销售的软件产品的监督检查，对不符合本通知第二条规定的软件产品，应按规定税率征收增值税。
五、根据国家税务总局国税发[1999]156号通知第三条规定，自1999年7月1日起，对持有国家版权局所属中国软件登记中心开具给转让方的《计算机软件著作权转移认证证明》或国家版权局颁发给受让方的《计算机软件权利转移备案证书》(复印件)的软件转让行为，不征收增值税。对其他软件转让行为(包括受托开发软件取得的收入)一律征收增值税。各局应对所辖软件企业进行清理检查，对1999年10月底前应征增值税但已缴纳营业税的其他软件转让行为，不再补征增值税。自1999年11月1日起，对未持有上述证明材料的软件销售业务一律征收增值税。
六、关于企业所得税问题
(一)软件开发企业和软件开发生产企业，自领取《软件企业证书》之日起30日内，持北京市软件企业和软件产品认证小组颁发的《软件企业证书》(复印件)及相关资料，向主管税务机关提出书面申请，经主管税务机关审核，对符合软件企业条件的，就企业发放的工资在计算企业所得税应纳税所得额时，准予按实际发生额扣除。
(二)软件开发企业和软件开发生产企业，应在年度终了后两个月内向主管税务机关申报《软件开发企业和软件开发生产企业审核表》。经主管税务机关审核确认，对不符合软件企业所得税政策规定条件的，就企业已按实际发生额扣除的工资，应按照税法规定调整应纳税所得额计算征收所得税。
