以上所称1999年10、11、12月份，均指税款所属月份。
3.软件纳税人在换开专用发票时，应在收回的发票联和抵扣联上注明“换开”字样和原已开具专用发票记帐联的会计凭证的填制日期和凭证编号，并依次粘贴在重新开具专用发票记帐联后面(重新开具专用发票的记帐联不得撕下，应与存根联一并保存备查)；软件纳税人的上述换开专用发票行为，不再进行增值税纳税申报。
4.按市局京国税[1999]147号通知规定，暂按简易计税办法缴纳软件产品增值税的一般纳税人，截止2000年1月31日仍未取得自行开发或自行开发生产软件产品证明资料的，对其1999年7月1日以后按规定税率计算少缴纳的税款补征入库。
(十)根据财政部、国家税务总局财税字[1999]273号通知第一条第(四)款规定，对持有国家版权局所属中国软件登记中心开具给转让方的《计算机软件著作权转移认证证明》或国家版权局颁发给受让方的《计算机软件权利转移备案证书》(复印件)的软件转让行为，不征收增值税。对未持有上述证明资料的软件转让行为(包括受托开发软件取得的收入)一律征收增值税。各局应对所辖软件企业进行清理检查，对1999年10月31日前应征增值税但已缴纳营业税的软件转让行为，不再补征增值税。自1999年11月1日起，对未持有上述证明资料的软件销售业务一律征收增值税。
二、关于所得税问题
(一)对社会力量资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费准予扣除的单位包括企业单位(含外商投资企业和外国企业)、事业单位和社会团体。
(二)资助单位应于每年的7月至12月，向主管税务机关提交下一年度的资助计划申请，由主管税务机关审核确认后下达《资助计划立项确认书》(样式附后，各局自印)，在不超过审核确认的额度内，其实际发生的资助额可准予扣除。逾期不予办理。
各主管税务机关应于审批后30日内将审批资料报市局备案。
(三)主管税务机关应根据财政部、国家税务总局财税字[1999]273号文件第三条第(一)款和京国税[1998]169号文件规定的条件审核确认非关联关系。
(四)可按实际发放的工资总额在计算应纳税所得额时扣除的软件开发生产企业和软件开发企业需同时具备以下条件：
1.软件开发生产企业
拥有相应的生产设备和厂房；企业自行开发并生产的软件产品的销售收入，不低于本企业当年度销售总收入的35％。
