第六条 南水北调工程基金由县级（含县级）以上水行政主管部门负责征收。所征收的基金纳入省级财政预算内管理。对征收基金所需工作经费，按照现行水资源费管理规定，由同级财政部门按部门预算等有关规定审核安排。
第七条 南水北调工程基金实行计量征收。取水单位和个人必须在取水口安装取水计量设施，并保证取水计量设施正常使用，按规定填报取用水报表，不得擅自拆除、更换取水计量设施。
第八条 南水北调工程基金实行按月征收。取水单位和个人在收到本期缴款单之日起15天内按规定方式足额缴付。逾期不缴或欠缴的，由收缴单位责令其限期缴付，并按照《
江苏省水资源管理条例》规定予以处罚。
第九条 县级以上水行政主管部门按月编制南水北调工程基金征收统计报表，财政部门按月编制收缴入库资金报表，每月对帐后，逐级报送省财政和省水行政主管部门汇总。
第十条 各市、县人民政府负责本行政区域内南水北调工程基金的筹集和上缴工作。为方便管理，调动各地征收积极性，省对各市本级（含区）和各县（市）按照2001年工业和城镇用水量核定基金上缴任务（详见附表）。各市将基金上缴任务核定到所辖县（市）。超收部分全部作为水资源费纳入同级财政国库，不再作为南水北调工程基金管理；不足部分由地方财政从水资源费等渠道解决。
第十一条 各级财政部门应设立南水北调工程基金收入汇缴专户，专门用于缴纳南水北调工程基金。该专户除缴省或将超收部分作为水资源费缴入同级财政国库外，只收不支。每月最后一个工作日，各级财政部门应按规定将财政专户所收南水北调工程基金缴入省级金库。在填写缴款书时，“财政机关”栏填写“江苏省财政厅”，“预算级次”栏填写“省级”，“预算科目”栏填写基金预算收入科目第8709款“其他项目收入—南水北调”。省财政按照国家规定将基金上缴中央财政。
第十二条 省筹集的南水北调工程基金实行专款专用，年终结余结转下年度安排使用。南水北调工程基金调水工程部分，按照国家有关规定编报年度使用计划，按规定用途使用；治污工程部分，专款用于南水北调治污工程建设，具体使用管理办法，由省发展改革委会同省南水北调办公室、财政厅、环保厅、建设厅、农林厅、水利厅、物价局等部门研究提出，报省政府批准实施。各市县超收留用部分，由当地政府按照水资源费规定用途使用。
第十三条 各级各有关部门要严格按照本办法规定的征收范围、征收对象和征收标准，足额征收南水北调工程基金，并根据核定上缴任务及时解缴，不得多收、少收、免收、缓收，也不得隐瞒、截留、坐收坐支南水北调工程基金。各级财政、水利、物价、审计、监察部门要加强对南水北调工程基金征收、使用和管理的监督检查。对违反规定的单位和个人，要按照有关法律法规规定予以查处。
