我省农田水利基本建设虽然有一定发展，但仍不能适应新时期农村社会经济发展的需要，目前存在的主要问题有：
　　（一）对农田水利基本建设工作认识不足，资金投入少。多年来，部分地方政府和有关部门对加强农田水利基础设施建设的重要性和紧迫性认识不足，没有真正把加强农田水利基础设施建设作为提高农业综合生产能力、确保粮食安全和增加农民收入的一项重要措施，摆上政府工作的议事日程。在资金投入上，注重大江大河治理等大型水利工程建设，忽视对小型农田水利基础设施的建设。除广州、佛山、东莞、中山等少部分地区外，地方各级财政投入农田水利基本建设的资金十分有限。农村税费改革后取消“两工”和实施“一事一议”，农田水利基本建设资金筹措难度加大，投入资金呈递减趋势，跟不上农业发展的需要。
　　（二）农田水利基础设施老化失修，抗灾能力差。目前全省的农田水利基础设施大多数是20世纪六七十年代兴建的，排灌渠道以坭渠为主，经过长期使用，大量农田水利设施老化、失修，渠道渗漏、堵塞严重，导致灌溉效益不断衰减，有效灌溉面积下降，易旱易涝耕地面积加大。据统计，2004年全省农田有效灌溉面积1968万亩，占全省耕地面积的62%，比1990年下降9个百分点；易旱易涝面积1500万亩，占全省耕地面积的四成多；渠系水利用系数仅为0.3-0.4，水资源浪费严重。
　　（三）耕地质量下降，中低产田面积大。由于长期对耕地保护不够，部分优质农田被经济建设占用，开发补充的耕地质量差；同时，长期对耕地建设不够，重用轻养，导致土壤退化、保水保肥和抗灾能力差，产出能力下降。据全省地力监测统计，在260个监测点中，施入农田的有机养分仅占肥料养分总量的15%，有53%监测点农田的有机质含量下降。在全省3161.7万亩耕地中，土壤肥力和灌溉设施较好的高产稳产农田不足40%，而中低产田占60%以上。2004年全省粮食平均亩产365公斤，比2000年减少27公斤，亩产350公斤以下的县（市、区）有51个。
　　（四）农田水利设施管理养护机制不健全。长期以来，农田水利实行分级管理和“谁受益，谁负担”的原则。目前，县级以下的农田水利分三级管理，干、支渠跨镇域的，一般由县水利部门直属的水管单位管辖；干、支渠同一镇但跨村域的由镇水利所管辖；斗、毛渠由村级管理。大部分的农田水利设施管理费用从收取水费中支付，农田水利设施的管理、维护经费难以落实，导致农田水利设施管护工作不到位，降低了水利设施的寿命和使用效率。

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