第三十六条 代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
第三十七条 自开票纳税人以货物运输业发票的记帐联作为公路货物运输应纳印花税的凭证，实行汇总缴纳。
地方税务机关代开货物运输业发票时必须代扣承、托运双方应纳的印花税，并实行汇总缴纳。代扣印花税税款时，在货物运输业发票的记帐联和发票联分别加盖“印花税代扣专用章”（HY14），作为承、托运双方应纳印花税完税凭证。
第三十八条 提供货物运输劳务的单位向其机构所在地主管地方税务机关申报缴纳营业税。
提供货物运输劳务的承包人、承租人或挂靠人，向其发包、出租或所挂靠单位机构所在地主管地方税务机关申报缴纳营业税。
其他提供货物运输劳务的个人向其运营车辆的车籍所在地主管地方税务机关申报缴纳营业税。
第三十九条 自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。
代开票单位在为代开票物流劳务单位代开发票时也应按照以上原则征税（代征）并代开发票。
第四十条 自开票纳税人和代开票纳税人营业税减免认定取消认定手续后，主管地方税务机关应按照减免税条件的要求，对符合享受减免税条件的自开票纳税人所开具的货物运输业发票减免征收营业税；对符合享受减免税条件的代开票纳税人，在代开货物运输业发票时即时征收营业税、城建税、教育费附加及所得税，再按规定办理退税；对给予了减免营业税优惠的自开票纳税人和代开票纳税人，同时要加强其日常监督、检查。
第五章 发票信息采集、汇总、传输
第四十一条 自开票纳税人每月10日前应向主管税务所报送《自开票纳税人货物运输业发票清单》（HY15）纸质信息（需加盖公章）及电子信息；如当月未开具货物运输业发票的，自开票纳税人应报送空白《自开票纳税人货物运输业发票清单》纸质信息（需加盖公章）；税务所每月15日前将上述信息和《地税局代开货物运输业发票清单》（HY16）的信息通过A版软件进行汇总报送区县级地方税务机关营业税主管部门；区县级地方税务机关营业税主管部门使用B版软件汇总后每月18日前上报市局营业税管理处。营业税管理处每月20日前上报国家税务总局。
第四十二条 主管税务所应对自开票纳税人申报的纸质清单汇总数与电子信息汇总数以及缴纳税款数进行核对。
第四十三条 主管税务所每月15日前向区县级地方税务机关营业税主管部门报送《货物运输业营业税征收管理情况统计表》；区县级地方税务机关营业税主管部门进行汇总后每月18日前报送市局营业税管理处；营业税管理处每月20日前上报国家税务总局。
