（一）未按期报送《自开票纳税人货物运输业发票清单》纸质和电子信息的；
（二）纳税人领购、使用发票与税控IC卡报数或实际使用发票情况，以及纳税人税控IC卡报数反映的发票填开情况与纳税申报情况，发现核对信息不符或有异常情况的；
（三）在日常管理过程中经电话和实地查找方式均联系不到的；
（四）纳税人实际安装税控装置的地点与经主管地方税务机关审批备案的安装税控装置地址不符的；
（五）经过税控安全管理系统查询，发现纳税人使用税控装置或发票填开信息有异常情况的；
（六）纳税人未按照规定的期限进行纳税申报的；
（七）纳税人为非正常户状态的；
（八）纳税人欠缴税款，税务机关已向纳税人送达《追缴欠税（滞纳金）事项告知书》的；
（九）纳税人出现其他税收违法行为的。
对出现上述情形的货运企业，主管税务所应填写《XX地税局XX税务所货运发票暂停/恢复供应审核表》（HY13）暂停供应货物运输业发票。待问题消除或接受处理后，填写《XX地税局XX税务所货运发票暂停/恢复供应审核表》方可恢复发票供应。在货物运输业发票暂停供应期间，纳税人可到地方税务机关代开货物运输业发票。税务所应将暂停发票供应和恢复发票供应的相关信息在5个工作日内反馈营业税管理部门和征管部门备案。
第三十一条 主管税务所在对货运企业日常管理过程中发现企业有除第三十条规定情形以外的其他异常情况，可适当限制其货物运输业发票的供应数量，或验旧购新，并做进一步核实。
第三十二条 对区县局、分局间转户的，原自开票纳税人认定机关应收回《货物运输业营业税自开票纳税人认定证书》，并缴销已购货物运输业发票。
第四章 税款征收
第三十三条 对自开票纳税人开具的货物运输业发票注明的运费和其他价外收费，一律按“交通运输业”税目征收营业税。
第三十四条 自开票纳税人支付的公路、内河货物运输业运输费用，凭借取得的货物运输业发票或合法有效凭证作为营业额扣除的凭据。
自开票纳税人允许扣除的公路、内河费用金额，是指取得的货物运输业发票（《公路、内河货物运输业统一发票》、《公路、内河货物运输业统一发票（代开）》或者《全国联运行业货运统一发票》）或其他合法有效凭证上注明的运输费用金额。
第三十五条 代开票纳税人在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税。
除外商投资企业和外国企业外，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。
应缴纳的企业所得税或个人所得税按3.3%的征收率执行。预征的所得税年终时进行清算，但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。对2002年以后新办的代开票纳税人的所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票时统一代征税款，并由地方税务机关统一入库。个人所得税为预扣征收率，年度终了后按有关规定汇算清缴，多退少补。
在代开票时已征收的属于法律法规规定的减征或者免征的营业税及城市维护建设税、教育费附加、所得税以及高于法律法规规定的城市维护建设税税率的税款，在下一征期退税。
