第二十一条 县（市、区）财政局应根据批准的基金预算和合管办的用款计划按月给合管办拨付基金。合管办应按照本县（市、区）新型农牧区合作医疗制度规定的基金支付范围和批准的基金预算，办理农牧民合作医疗补偿支出和其他支出。县（市、区）财政局应按规定办理上解上级风险金支出。
农牧民合作医疗补偿支出是指参合农牧民在各级定点医疗卫生机构发生医疗费用后，按照新疆维吾尔自治区新型农牧区合作医疗基本药品目录、诊疗项目目录和医疗服务设施项目目录（以下简称自治区“三个目录”）或本县（市、区）新型农牧区合作医疗基本药品目录、诊疗项目目录和医疗服务设施项目目录（以下简称县级“三个目录”，制定县级“三个目录”的，按县级“三个目录”执行，没有制定县级“三个目录”的，按自治区“三个目录”执行）规定的补偿范围及规定的补偿比例进行补偿的费用支出。具体包括门诊、住院、大病医疗费用补偿支出。
门诊医疗费用补偿支出是指对参合农牧民在本村、乡（镇）、县（市、区）定点医疗机构门诊就医时发生的实际补偿费用。
住院医疗费用补偿支出是指对参合农牧民在本乡（镇）、县（市、区）或经批准在县（市、区）以外医疗机构住院发生的实际补偿费用。
大病医疗费用补偿支出是指参合农牧民发生大病在本乡（镇）、县（市、区）或经批准在县（市、区）以外医疗机构住院发生费用，按规定比例补偿后，个人负担数额仍超出家庭承受能力的，按照本县（市、区）规定再次进行补偿的支出。
风险金支出是指县（市、区）按照自治区新型农牧区合作医疗风险基金管理办法规定，提取并上解上级的用于弥补基金非正常超支的支出。
其他支出是指参合农牧民家庭年内未发生就医，按县（市、区）规定给予一次常规体检的支出。
第二十二条 参合农牧民在本县（市、区）内定点医疗机构门诊就诊、住院发生的属于合作医疗补偿范围内的补偿费用，实行先由定点医疗机构初审垫付，支付给参合农牧民报销补偿，之后按月将有关资料报合管办审核，合管办审核提出明确意见，交财政局复核后，由合管办办理医疗费结算，将资金直接支付到医疗机构的银行帐户。
第二十三条 经批准在县（市、区）以外指定医疗机构就诊的参合农牧民先由就诊病人自行垫付所发生的医疗费用，病人出院后，到本县（市、区）合管办按相关规定审核报销补偿费用。为方便农牧民群众，也可由乡（镇）合管办代参合农牧民办理报销补偿相关业务。
