按照市政府批转的市体改办等四部门《关于巩固和完善本市农村合作医疗的补充意见》（沪府〔2002〕94号）要求，民政部门及慈善基金会、残联等社会团体继续对五保户、低保户、残疾人等参加合作医疗给予补助，并按实际参加人数将补助经费划转合作医疗管理部门。
二、提高合作医疗保障水平
（一）规范资金使用比例
区县、乡镇筹集的合作医疗资金的70%～80%，用于门急诊及5000元以下住院医疗费用的报销。其中，用于社区卫生服务中心（乡镇卫生院）及村卫生室医疗费用报销的总额，应不低于70%。合作医疗资金的20%～30%，纳入5000元及以上住院医疗费用区县级大病统筹资金。
（二）保证合作医疗的补偿水平
在保证合作医疗资金收支平衡的前提下，各区县合作医疗对门急诊与5000元以下住院医疗费用可报销部分补偿比例，应不低于40%。合作医疗大病统筹补偿水平的最高限额不低于3万元；人均筹资水平高于2004年全市平均水平的区县，补偿水平的最高限额可以提高到5万元。
（三）加大对离土老年农民大病风险的救助力度
对转让承包土地经营权的65周岁以上老年农民，在享受大病统筹最高限额后，个人自负超过农村年人均收入50%以上的部分，再按一定比例给予补充性救助补偿（具体办法另行制定）。
现阶段已参加镇保的人员如要求参加合作医疗门诊，按市医保局等四部门制定的《关于本市小城镇医疗保险参保人员参加农村合作医疗有关问题的实施意见》（沪医保〔2005〕114号）文件执行，区县和乡镇政府要加强统筹协调，积极支持。
三、进一步加强合作医疗的监督与管理
（一）加强合作医疗管理体系建设
建立市合作医疗管理办公室，加强合作医疗的政策研究、信息汇总、人员培训、调研和协调等工作。各区县要完善合作医疗管理委员会工作制度，定期召开会议，及时通报、传达合作医疗有关情况和信息，研究和协调解决有关问题。
各区县要按照《关于巩固和完善本市农村合作医疗的补充意见》（沪府〔2002〕94号）的规定，落实合作医疗经办机构人员编制，并由同级财政按规定核定、拨付人员经费及办公经费。同时，在市卫生部门统一布置下，开展全市合作医疗信息系统建设，提高管理和服务的能力。
（二）加强合作医疗资金管理
严格执行“以收定支、自求平衡”和“公开、公平、公正”的原则。合作医疗资金要在区县合作医疗管理委员会认定的国有商业银行设立专用账户，资金封闭运行，确保资金安全。建立和健全合作医疗财务管理、会计核算等管理制度。合作医疗资金要专款专用、合理使用，全部用于农民的医疗保障，不得挤占、挪用。
