(三)违法实施行政许可的现象还不同程度存在。一是主体不合法。如某县建设局以其下属的建设工程质量监督站的名义实施建设工程施工许可。二是越权实施行政许可。如某市文化局和新闻出版局多次实施应当由省级新闻出版局实施的印刷经营许可。三是对不符合法定条件的被许可人准予许可。如一些市、县行政许可实施部门在实施规划建设项目、危险运输车辆运营、国有土地使用等行政许可时违规操作，对不具备行政许可条件的申请人随意审批。四是对应当受理的行政许可申请不予受理。如某市要求有审批权的单位暂停某类广告审批，致使有审批权的单位拒不受理具备法定条件的行政许可申请，等等。此外，一些行政机关实施行政许可的程序不规范或者过于简单，仅以签字、盖章代替行政许可决定，普遍缺少受理或者不予受理通知书等必要的法律文书，超时限审批等现象还时有发生。
(四)行政许可收费混乱的问题还比较普遍。一是没有法定依据随意收费。如一些地方的卫生部门擅自缩短卫生许可证的法定有效期限，以增加发证和收费次数，并对超过该期限未延续许可的业户处以罚款。二是强制申请入接受有偿服务。如某地安全生产监督管理局发放危险化学品经营许可证时强制收取培训费，并代替中介机构收取评审费，不开具任何票据。三是利用行政许可权“搭车”收费。某市规划局在实施居民新建、改建、扩建自有住房许可时，要求申请人向其所属技术服务公司缴纳几十元到上百元不等的规划技术服务费等费用，有的地方建设行政主管部门在办理施工许可和商品房预售许可时，将城市基础设施配套费等费用的缴纳情况作为前置条件。
(五)有关行政许可制度落实不到位。一是行政许可公示制的建立不符合要求。一些省直部门和相当一部分市(地)、县级行政许可实施部门未按要求建立行政许可公示制，或者仍以办公场所早些年悬挂的政务公开内容代替行政许可公示。二是多数部门没有为被许可人建立监督检查档案。有的虽然建立了监管制度，但没有将有关书面检查材料整理入卷归档，加上人员和经费不足，对被许可人的事后监管普遍不到位。三是对无证经营等违法行为制止不力。如一些地方的无证经营网吧仍在公开经营，甚至肆无忌惮地超时营业，大量接纳未成年人，而负有监管职责的文化、工商等部门却未联合采取有效措施予以制止和取缔。
上述问题产生的原因主要有以下四个方面：一是一些行政机关领导对贯彻实施
行政许可法的重要意义认识不到位，对行政许可主体及其收费的清理公布和建立有关行政许可制度等重要工作缺乏紧迫感，采取措施不力。二是多数县级政府、个别市(地)政府和不少行政执法部门的法制机构薄弱，人员、经费、设备不足，一些承担一线行政许可任务的执法人员素质不高，无法适应组织实施
行政许可法和全面推进依法行政的需要。三是多数行政许可实施部门所需的行政许可经费没有被列入本级财政预算或者列支经费不足，致使不少部门仍在通过违法收费来抵消行政成本。四是对行政许可的监督尚未形成有效机制，致使许多行政许可违法问题得不到及时有效的制止和纠正，违法行政者大都没有得到应有的追究。
