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省发展改革委：按照“十一五”国民经济与社会发展总体规划以及防灾减灾重点专项规划的要求，积极支持红火蚁疫情预警与控制体系建设。
省经贸委：负责加强市场监测，适时组织市场调控，维护市场稳定。
省财政厅：负责保证红火蚁疫情应急控制所需经费，并加强经费使用的管理和监督。
省科技厅：组织力量开展红火蚁应急防治技术科研攻关，做好防治技术储备。
省公安厅：密切注视疫情动态和与疫情有关的社会动态，指导疫情发生地公安部门参与做好疫区封锁、扑杀红火蚁等工作，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定。
省监察厅：负责监督检查省直有关单位和下级指挥部及工作人员在红火蚁疫情应急防控工作中履行职责的情况，对工作中的失职、渎职等违纪行为进行查处。
省民政厅：负责对受灾群众的生活救助。
省交通厅：负责提供红火蚁疫情应急控制人员以及防控药品、器械等应急物资和有关样本的公路、水路运输保障。
省外经贸厅：配合农业、出入境检验检疫等部门，做好国外可能对我省出口农产品设限的应对工作。
省卫生厅：负责监测红火蚁在居民生活区中发生情况，做好预防和红火蚁叮咬受伤人员的治疗工作。
省林业厅：负责做好疫区内林地和木本植物的红火蚁调查及防控工作。
省工商局：根据对疫区（点）封锁情况，加强对疫区内植物及其产品交易市场的监管，依法关闭疫区内植物及其产品市场。
省政府纠风办、省治理公路和水上交通“三乱”办、省交警总队：负责协助做好植物检疫临时检查站的设置和监督工作。
省口岸与海防办、福州海关、厦门海关、武警福建省边防总队：负责加强对出入境植物及其产品的监管，打击走私植物及其产品等违法行为。
南昌铁路局福州办事处、民航福建监管办：负责保证红火蚁疫情应急控制人员以及防控药品、器械等急用物资和有关标本的航空或铁路运送，确保安全、快速，防止疫情扩散。
福建出入境检验检疫局、厦门出入境检验检疫局：负责做好出入境植物及其产品和其它检疫物的检验检疫工作，防止疫情的传入传出；及时收集、分析境外红火蚁疫情信息，并及时向省指挥部通报有关情况。
省军区后勤部：负责驻闽部队红火蚁疫情应急防控工作，协调驻闽部队支援地方做好红火蚁疫情的应急处置工作。
省武警总队：组织指挥武警部队参与红火蚁疫情的应急控制行动，配合公安部门做好疫区封锁等工作。
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