依法监督生产、经营、使用单位的药品、医疗器械质量；组织实施全市药品、医疗器械的质量监督抽样；依法查处药品、医疗器械研究、生产、流通、使用中的违法、违规行为；对上级指定查处的药品、医疗器械案件进行调查处理；指导市药品检验机构的业务工作；会同有关部门查办大案要案；检查、督促和指导全市药品监督稽查业务工作。
（九）人事教育处
负责全系统机构编制、干部人事和劳动工资管理工作；负责局管干部日常管理工作；按照有关规定负责本系统领导班子和干部队伍建设；负责全市药品监督管理系统的业务培训；管理局机关和直属单位人员出国培训、考察等外事工作；组织实施执业药师资格考试、注册、培训及继续教育工作；组织实施全系统评选表彰工作。
（十）规划财务处
负责全市药品监督管理系统资产、经费的管理，对县（区）食品药品监督管理局（分局）和直属单位的财务实施监督，按照国家有关规定，申报药品监督管理的行政事业性收费项目。
机关党委。负责市局机关和直属单位的党群工作。
另按有关文件规定设置纪检监察机构。
设立老干部处。负责系统老干部管理服务工作。
四、派出机构和直属机构
派出机构：组建南京市食品药品监督管理局玄武分局、白下分局、秦淮分局、建邺分局、鼓楼分局、下关分局、雨花台分局、栖霞分局，作为市食品药品监督管理局的派出机构，分别加挂相关区食品安全委员会办公室牌子。
直属机构：南京市江宁食品药品监督管理局、南京市浦口食品药品监督管理局、南京市六合食品药品监督管理局、南京市高淳食品药品监督管理局、南京市溧水食品药品监督管理局为市食品药品监督管理局的直属机构，分别加挂相关区、县食品安全委员会办公室牌子。
上述机构主要职责是：
贯彻执行有关食品、保健品、化妆品安全管理的方针政策、法律、法规和规章；按职责权限研究制定相关的实施办法、工作规划并监督实施；依法行使对食品、保健品、化妆品安全管理工作的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作；依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处；根据区、县政府授权，组织协调开展食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作；收集、上报食品、保健品、化妆品安全监管信息；综合协调其他有关食品、保健品、化妆品安全工作；监督实施国家和省有关药品监督管理的法律、法规和规章；依法对药品、医疗器械、药品包装材料生产、经营和使用单位进行日常监管；按规定监督抽查药品、医疗器械和药品包装材料的质量，依法查处违反药品监督管理的法律、法规和规章的违法行为；监督实施药品分类管理；负责药品零售企业和药品零售连锁企业门店的初审；监管药品生产企业所设立的办事机构；会同有关部门监管中药材集贸市场；负责食品、保健品、化妆品安全综合监督有关的法规培训和药品监督管理有关的法规培训；管理所属药品检验检测机构；承办区县委、区县政府和市食品药品监督管理局交办的其他相关事项。
各派出机构分别设置2个内设科室，即办公室、食品药品综合监管科（同时挂药品稽查大队牌子）；各直属机构分别设置4个内设科（股）室，即办公室、食品综合监督科（股）、药品综合监管科（股）、药品稽查科（股）（加挂药品稽查大队牌子）。
