受益和保护范围在同一行政区域的国有水工程，由当地的水行政主管部门管理；跨行政区域的水工程，由共同上一级水行政主管部门或者主要受益地的水行政主管部门管理。
受益和保护范围在一个乡（镇）行政区域内的国有小型水工程，可以由乡（镇）人民政府管理。
第八条 在依法制定国有水工程建设方案的同时，应制定管理方案，明确管理体制、管理机构和运行管理经费来源；没有制定管理方案的，不得立项。
水工程管理设施应当与主体工程同时建设；管理设施未完成的，不得组织竣工验收。
第九条 建设单位在水工程竣工验收合格，正式移交水工程管理单位时，必须同时移交水工程土地使用权证书、水工程建设档案以及划定水工程管理和保护范围的文书。
第十条 国有水工程管理单位根据其所承担的任务，分为纯公益性、准公益性和经营性三类。
纯公益性水工程管理单位的工程运行维修养护经费，按照水工程隶属关系，由相应的地方财政承担，工程更新改造费用纳入基本建设投资计划。
准公益性水工程管理单位所承担的公益性功能部分所需经费按照前款规定执行，经营性功能部分所需经费由水工程管理单位自行承担。
经营性水工程管理单位的工程运行维修养护经费，由水工程管理单位自行承担。
第十一条 县级以上地方人民政府水行政主管部门应当加强对水工程安全的监督管理，按照水工程管理权限，定期对水工程进行安全检查，对存在安全隐患的水工程，应当及时向同级人民政府报告，并积极采取措施排除安全隐患。
乡（镇）人民政府应当加强本行政区域内小型农田水利工程的管理，确定管理主体，定期组织检查，保证工程设施完好和正常运行。
第十二条 县级以上地方人民政府水行政主管部门设置的水工程管理单位，具体负责国有水工程的管理、运行和维护。
国有水工程管理单位应当服从防汛抗旱和水资源调度，建立健全管理制度，按照有关技术标准，定期对水工程进行安全监测，确保水工程完好和安全运行。发现水工程安全运行隐患的，应当及时采取处理措施，并报告有管辖权的水行政主管部门。
国有水工程管理单位应当按照精简效能的原则，推行管养分离，提高养护水平，降低运行成本。
