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指挥部下设专家组和工作组，作为具体工作机构。
2.2.1 专家组
省级突发公共卫生事件应急专家委员会部分成员为省级防治人禽流感的专家组成员；市（州）、县（市）各级卫生行政部门要建立和完善防治人禽流感的本级专家小组。
预防控制专家组（附件2）
职责：分析疫情动态，提出控制疫情建议，现场指导流行病学调查。
医疗救治专家组（附件3）
职责：对病例进行会诊，提出治疗方案，指导医疗救治工作。
2.2.2 工作组：
综合（外事）组
（1）负责日常管理工作，落实指挥部决定的事项，综合协调有关部门及各小组工作；
（2）组织对人感染禽流感突发事件的调查和处理；
（3）适时启动卫生应急预案，组织专业培训和技术演练；
（4）各类文电、信息和有关会议材料起草、编发及管理；
（5）防治工作情况资料汇总、整理、上报、通报；
（6）联系和组织协作攻关专家组工作；
（7）协调涉外及港澳台同胞防治工作；
（8）收集、整理国外疫情动态及防治工作信息；
（9）办公经费使用审核和后勤保障；
（10）完成指挥部交办的其他工作事项。
新闻宣传组
（1）协调组织人禽流感疫情信息、应急处理情况等的对外发布，必要时，经省政府授权后组织新闻发布会、新闻媒体采访；
（2）宣传传染病防治法律、法规；
（3）宣传报道人禽流感防治工作，澄清事实，主动引导舆论；
（4）宣传报道医务卫生工作者抗击人禽流感先进事迹；
（5）开展防范人禽流感卫生知识宣传，编发抗击人禽流感宣传材料。
疫情监测组
（1）负责组织开展人禽流感等传染病疫情监测；
（2）根据需要组织开展应急疫苗接种、预防服药；
（3）参与组织对人禽流感突发事件的调查和处理，协调预防控制专家组进行疫情分析等工作；
（4）检索、收集国内疫情动态及防治工作信息，并进行整理分析；
（5）负责疫情动态、专报的编报；
（6）指导疫情防控工作。
医疗救治组
（1）组织制订诊断治疗方案，协调做好医疗救治专家组会诊、诊断服务工作；
（2）指导定点医院、监测点、留验站、发热门诊救治工作；
（3）协助组建、派遣医疗应急专家队伍
（4）负责医务人员防治人禽流感业务培训工作；
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