(二)市卫生局将按月及时对各单位医药费总收入进行对比审核， 对超出递增比例指标的收入，市卫生局先按月予以收缴，年终统一结算。在核定各医疗单位医药费总收入时，应考虑因工作量(门诊人次、住院床日)的增加因素，在门诊人次平均单价和住院床日平均单价两项综合考核指标未突破定额的前提下，应允许这部分医药总费用的增加。
(三)凡经市卫生局批准的特需医疗服务收入，不列入总量控制范围。
各医疗单位对这部分收入出具医疗发票时，必须注明“不予报销”字样。
(四)各医疗单位开展的新技术、新项目等，报市物价局，市卫生局、市财政局审批收费标准，其医疗服务收入，不列入当年总量控制范围。
三、增设、提高部分医疗劳务基础上的收费标准，降低CT、核磁共振、碎石机等项目收费，实行等级医院收费。
在医药费总量得到控制的前提下，对医疗单位的医疗收入结构进行调整，适当增设和逐步调整医务人员技术、劳务的收费项目。
(一)增设诊闻费和护理费。门诊诊闻费每人次乡镇医院1元，区市县医院2元，市及市以下医院3元；住院诊疗每人每天乡镇医院2元，区市县医院3元，市及以上医院4元；二级护理每人每天3元，三级护理每人每天1元。
(二)对现行医疗收费标准进行调整。对1992年未调整的项目的调价幅度，下调核磁共振、CT、碎石机等项目收费。
(三)实行等级医院收费。国务院国发[1989]10号文件指出：
“凡医疗卫生服务的收费，要根据不同的设施条件、医疗技术水平拉开档次”，对不同等级医院的收费标准，这次调整后的标准(除诊疗费、护理费已按三级确定外)均为二级乙等医院的收费标准(一甲与二乙同一标准)。
对评审为二级甲等、三级乙等医院下调10％；对尚未进行评审的区市县级以上的医院执行此标准，其他医疗单位及区市县以下的医院下浮10％执行。具体实施办法由市卫生局、财政局、物价局另行制定。
四、建立重庆市医学科学发展基金。用于重点学科建设，跨世纪学科带头人的培养，以提高重庆市总体医疗技术水平。因此决定从全市各级各类医疗单位增设的门诊、住院诊疗费中提取5％，集中用于加强重点学科建设，加速培养人才。县及县以下的医院按季度将此经费上交各区市县卫生局。市及市级以下医院(包括重庆医科大学附属医院、部队医院、厂矿医院向地方开放部分)按季度将此项费用上交由市政府、市卫生局、市中医局、市财政局、三医大、重医大负责人组成的基金管理委员会。市和各区市县卫生局应分别制定管理使用此基金的具体办法，设立专户，专款专用。
