(二)关于资金拨付
1．省级水利建设基金中用于地方大中小河流、水库治理工程，防洪工程及其他水利工程等基建工程部分，属于省本级的基金支出，由省水利厅根据省计委下达的水利工程基本建设投资计划、基金支出预算和用款计划向省财政厅申请拨款，省财政厅审核后向省水利厅拨付资金，省水利厅按工程进度拨款；属于补助下级的基金支出，由下级政府或政府委托财政、水利部门联合向省财政厅、省水利厅提出申请，并提交水利工程基金支出预算和用款计划，由省财政厅根据省计委的水利工程基本建设投资计划，会省水利厅审核后，直接拨付给下级财政部门。
2．省级水利建设基金用于防洪、应急度汛等非基本建设的部分，属于省本级的基金支出，由省水利厅向省财政厅申请拨款，省财政厅审核后向省水利厅拨付资金；属于补助下级的基金支出，由下级政府或政府委托财政、水利部门联合向省财政厅、水利厅提出申请，省财政厅商水利厅确定后，由省财政厅直接拨付给下级财政部门。
3．省级水利建设基金拨付，要严格执行先收后支的原则。
4．省水利厅对省财政厅拨付的水利建设基金，要设置专户进行管理和核算。水利建设基金要严格按国发[1997]7号和粤府[1998]11号文件规定的用途、年度基本建设投资计划和年度预算使用，严禁挪作它用。
(三)关于追加、追减预算 年度执行中，水利建设基金收入执行数超过预算数较多的，由省财政厅发文通知省计委和省水利厅。省水利厅可以根据超收的数额，申请追加预算支出。其中，属于水利基本建设工程的，要纳入基本建设投资计划，报经省计委审批。省财政厅根据水利厅的申请和经省计委批准的水利工程基本建设计划，追加预算支出。
年度执行中，水利建设基金收入执行数完不成预算的，由省财政厅向省水利厅发文调减年度预算，并抄送省计委，水利厅据以调减年度基金支出预算。其中，涉及水利基建工程的，应报省计委审批，由省计委相应调减基本建设投资计划。
四、关于决算
年度终了后，省水利厅要编制省级地方大中小河流、水库治理工程，防洪工程及其他水利工程基本建设财务决算和防洪、应急度汛等非基本建设财务决算，报省财政厅审批。
省级水利建设基金年终如有结余，专项结转下年度安排使用，不得挪作它用。结转使用的部分编入下年预算。
五、关于监督
