五、海关要加强对广东境内来往港澳小型船舶的监管，未经交通部或省交通主管部门批准经营航线的船舶不予办理备案和通关手续。近期要对省内来往港澳小型船舶进行一次全面的审核，对超经营期限、超经营航线、跨省份经营的小型船舶一律取消海关备案，收回《海关监管簿》；并对异籍港备案船舶进行清理整顿，完善对船舶资料的收集、汇总、存放和使用，实现科学和有效的管理。
六、加强对兼营船舶的管理。对兼营船舶，其每个航次，或由港澳航线变更为境内航线，或由境内航线变更为港澳航线时，水运企业应事先向主管海关提出申请并交验《海关监管簿》，由海关批注签章后方可进行。为有利于区别和管理，省交通主管部门要对外明确来往港澳小型船舶航行途中需按规定悬挂识别标志旗，并要求其严格遵守。
七、交通主管部门对港口、码头实行行业管理(广州港、汕头港、湛江港暂时除外)。凡在省内建设港口(渔港除外)、码头，要严格按国家和省规定的基建程序办理，由省交通主管部门审查提出意见后，报省计委审批或审核上报。省交通主管部门要加强港口、码头营运管理和监督。
八、海关与交通主管部门之间要加强联系和配合，建立情况通报渠道，在各自职责范围内共同加强对来往港澳小型船舶的管理。交通主管部门要定期将船舶审批情况通报海关，以便加强管理。海关要及时将参与走私的船舶、船员情况以及处罚决定通报交通主管部门，以便其执行责任追究制度；同时将超经营航线、跨省份经营的船舶资料通报交通主管部门，并待交通主管部门进行处罚后，才能办理空载出口通关手续。
九、进一步加强水运企业及船舶的整顿工作：
(一)对凡是没有正当理由连续3个月未参与港澳线运输 (或不能出示相应进出口签证及海关监管记录)的船舶，由交通主管部门取消(或暂停)其营运资格，退出港澳线运输，海关按规定收回其《海关监管簿》，并注销其备案。
(二)对船舶所载货物涉嫌走私的，如发现船方知情不报的，交通主管部门要责令船方停业整顿；同一船舶一年内发生两次走私行为或发生船长组织、默许集体走私行为的，取消该船的营运资格；水运企业法人走私，交通主管部门要对水运企业进行停业整顿。
(三)将船舶航行港澳的有关证件转让他人使用，或擅自更换船舶、改变船舶动力等重要设备、或在船舶设制暗格、暗仓的，一律取消营运港澳线资格；水运企业年内发生上述行为的，交通主管部门要对该企业进行停业整顿。
