1.被兼并企业在被兼并后继续具有独立纳税人资格的，其兼并前尚未弥补的经营亏损，在税收法规规定的期限内，由其以后年度的所得逐年延续弥补，不得用兼并企业的所得弥补。
2.被兼并企业在被兼并后不具有独立纳税人资格的，其兼并前尚未弥补的经营亏损，在税收法规规定的期限内，可由兼并企业用以后年度的所得逐年延续弥补。
(三)企业进行股权重组，在股权转让前尚未弥补的经营亏损，可按税收法规规定的亏损弥补年限，在剩余期限内，由股权重组后的企业逐年延续弥补。
三、年度亏损的确认
纳税人可在税前弥补的亏损额，是指纳税人帐面亏损额按照税收政策法规规定进行纳税调整后，经主管税务机关确认的亏损额，而不是指纳税人财务报表上反映的亏损额。
按照税收法规的规定，纳税人的某些项目免征所得税。如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。
纳税人发生亏损，对其从被投资方分回的投资收益(包括股息、红利、联营分利)，可以不再还原为税前利润，而直接用于弥补亏损，剩余部分再按有关规定补税。如企业既有按规定需要补税的投资收益，也有不需要补税的投资收益，可先用需要补税的投资收益直接弥补亏损，再用不需要补税的投资收益弥补亏损。
纳税人多报亏损，经主管税务机关检查调整后有盈余，应就调整后的应纳税所得额按适用税率补缴企业所得税；经检查调整后，无论是有盈余或仍然亏损，如纳税人多报的亏损已用以后年度的应纳税所得额进行了弥补，应对多报亏损已弥补部分按适用税率计算补缴企业所得税。
四、亏损弥补顺序
纳税人用当年应纳税所得弥补以前年度亏损时，暂按下列顺序依次弥补，弥补后有盈余的，按照所盈余所得的性质作相应的处理：(1)征税所得；(2)补税比例较高的投资收益(包括股息、红利、联营分利等，下同)；(3)补税比例较低的投资收益；(4)不需要补税的投资收益；(5)其他免税所得。
五、税前亏损弥补的审核(编者注：国发[2004]16号取消审批，后续管理见国税发[2004]82号。)
企业弥补亏损原则上应在年终后一次性办理，但个别金额较大的，经纳税人提出申请，报经主管税务机关批准，可在预缴企业所得税时，用其产生的盈利先弥补亏损；年终，再按本办法有关规定重新办理弥补亏损申报、审核手续。
