1．重点工程中心应按照科学、民主、高效的原则，引入现代企业和工程项目的管理办法和经验，建立富有活力的内部管理体制。
2．重点工程中心的建设，要充分利用依托单位和成员单位的现有基础和条件。依托单位是重点工程中心的技术和经济后盾，要为工程中心提供必要的人、财、物保障条件，为重点工程中心提供主要建设经费，并负责重点工程中心组建计划的实施。
3．重点工程中心的人事劳动制度、分配制度、保险制度、奖惩制度、研究与开发项目管理制度等参照现代企业管理制度。重点工程中心实行财政部制定的《
科技企业会计核算规程》。
4．重点工程应加强知识产权保护，建立和完善知识产权保护制度，保障依托单位、中心、个人的合法权益，并合法使用知识产权。
5．重点工程中心的建设资金采取"单位自筹为主、政府引导为辅"的原则。各级政府和国有企事业单位投资形成的固定资产属国有资产，按国有资产管理办法管理。
6．重点工程中心要广辟资金渠道，筹集技术研究开发资金，其主要来源包括：企业技术开发费、新产品减免税、中试产品和技术贸易减免税、科技开发风险准备金、国家扶持出口产品开发的经费、工程中心的收入、其它资金。
(二)外部管理
1．重点工程中心应在每年11月15日前向省、市科委、计委、经委及主管部门提交一年的工作汇报。
2．重点工程中心应按要求完成有关统计报表。
3．实行动态管理。省科委、计委、经委每两年一次会同主管部门和专家，对已建成的工程中心运行情况和绩效进行考核评议，对工程成绩突出的给予表彰奖励；考评不合格的，责成其在一定时间内进行整改。对整改后仍不符合要求的，由省科委、计委、经委联合发文撤销其重点工程中心资格，并通报有关部门取消其所享受的优惠政策。
4．重点工程中心的合并、撤销须经原审批部门批准。
五、扶持政策
(一)重点工程中心享受国家和省给予的独立科研机构各项优惠政策。
(二)重点工程中心建设初期，省财政视情给予一次性科技专项经费投入。
(三)重点工程中心的研究开发计划项目优先列入省科委、计委、经委及其他部门的有关计划。
(四)企业对重点工程中心投入的单台价值在10万元以下用于技术开发的关键设备和研究开发经费按实际发生额计入成本。其中，研究开发投入年增幅超过10％的，可再按实际发生额的50％抵扣应税所得额。
