(四)备择性原则。在具有多种功能的区域，当出现某些功能相互不能兼容时，应优先安排海洋直接开发利用中资源和环境等条件备择性窄的项目。同时也要注意安排海洋依托性开发利用功能以及非海洋性配套开发利用功能。
(五)可行性原则。海洋功能区划既立足于当前和未来科学技术与经济能力可能实现的水平，又充分考虑地方和行业对海域的开发利用意见以及现有的规划，保持开发利用的延续性。
(六)超前性原则。在海洋功能区划中，要体现社会发展的超前意识，引入本领域和相关领域研究的最新成果，要为将来引进更高层次的高新技术和社会发展需求国有余地。
二、重点工作区确定的原则
(一)重要海湾和河口三角洲地区；
(二)沿海经济相对发达地区及重要的港口、旅游区；
(三)用海矛盾较大、生态环境恶化、资源破坏严重的地区；
(四)地方政府积极性较高，海洋管理机构较为健全的地区。
根据以上原则，选择北海市的廉洲湾(含北海港、白虎头)和铁山港、钦州市的钦州湾(含茅尾海)、防城港市的防城港和珍珠港为重点工作区。其中茅尾海有部分海域涉及防城港市，因此钦州湾的海洋功能区划应由钦州市、防城港市共同参与，以钦州市为主。
各市可根据实际工作需要和资金情况，在重点工作区中选择部分区域为特殊工作区，进一步增大比例尺。
三、海洋功能区划总体工作进度计划
根据国家的部署和要求，自治区级的海洋功能区划工作应在2000年12月前完成。工作层面可分自治区级和沿海各地级市两个层面。有条件的市也可以根据需要和工作实际，增加县(区)层面，完成本区内重点区域和特殊区域更大比例尺的功能区划。
(一)各层面的工作成果包括：
1、海洋功能区划报告；
2、海洋功能区划登记表；
3、功能区划图；
4、海洋功能区划基础资料汇编；
5、海洋功能区划实施办法；
6、大比例尺海洋功能区划管理信息系统(此项不强求)。
(二)自治区级海洋功能区划的进度安排：
1、1999年10月至12月成立大比例尺海洋功能区划领导小组、技术指导组和编写组(由自治区海委会下文明确)，基本落实工作经费；
2、2000年3月前，完成人员培训、资料收集、补充调查等工作；
3、2000年5月前，完成资料汇编、分析等工作；
4、2000年7月前，完成全区1：50000海洋功能区划编制；
