(四)科技处
组织协调环境保护和核应用、核安全的科学研究和技术引进，组织重大技术攻关和技术示范工程；管理科技成果；拟订地方环境标准并组织实施；管理环境管理体系和环境标志认证；组织实施环境保护资质认可制度；管理生物技术环境安全；指导和推动环境保护产业发展；负责对外合作与交流工作。
(五)污染控制与生态保护处
组织编制环境功能区划；拟订并组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治的计划、规划；组织实施固体废物、有毒化学品进口登记、危险废物经营许可证、行政代执行等环境管理制度；承办可用作原料的废物进口许可证；会同有关部门编制自然保护区规划，拟订生物多样性保护计划，对新建省级自然保护区进行评审，并向省政府提出审批建议；指导监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护工作；指导、协调和监督海洋环境污染防治工作；负责农村生态环境保护监督管理；指导生态示范区建设。
(六)监督管理处
拟订和组织实施开发建设活动环境影响评价、“三同时”、环境监理、排污收费等环境管理制度、政策、法规和规章；指导和协调解决重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；组织实施污染总量控制、排污申报登记、排污许可证、限期治理、达标排放等环境管理制度。
(七)核应急与辐射环境管理处
承担民用核设施核事故预防和应急管理委员会的日常工作；负责核事故预防和应急的有关工作；组织核事故应急演习；审查民用核设施、核事故预防方案并督促检查落实；审批设立限制发展区的申请，并检查实施；建立核设施安全及生产运行数据库和监督网络。
(八)人事处
负责局机关及指导直属单位的人事、机构编制、劳资、计划生育等工作；协助地级以上市管理环境保护行政主管部门领导干部；指导环境保护队伍建设，规划与组织指导环境保护系统在职人员的岗位培训和继续教育工作；负责全国环保先进的推荐工作。
(九)监察室(与纪检组、直属机关党委办公室合署)
负责局机关和直属单位的思想政治工作和监察、纪检、党群、审计工作。
四、人员编制
环境保护局机关行政编制58名，事业编制8名。其中局长1名，副局长3名(不含纪检组长)，正副处长(主任)23名(含直属机关党委专职副书记)。
为离退休干部服务的机构和人员编制按有关规定另行核定。
