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(六)实行计税工资总额与营业收入挂钩的事业单位、社会团体，以全部收入扣除免税收入后的金额即应纳税收入额作为计算有关指标的依据。
(七)执行国务院规定的工作人员工资制度的事业单位，其按照规定的工资标准计算的工资总额，允许在税前据实扣除；超过规定工资标准发放的工资额不得在税前扣除。社会团体、民办非企业单位的工资扣除可比照事业单位执行。
(八)对律师事务所、会计师务所、税务师事务所、审计师事务所等纳税人200 0年度税前工资扣除办法仍按我局《关于律师事务所所若干税务处理问题的通知》(穗地税发(1999)497号)执行。采用定额计税工资形式的，可相应按本通知规定的同档次定额计税工资标准再上浮20%计算，据实在税前扣除。
(九)对专门从事研究开发软件著作权的纳税人，报经批准后，允许按实际工资发放数在税前扣除。
(十)纳税人经主管地方税务机关审核，其实际发放的工资额在规定标准内可在当年企业所得税前据实扣除。但对纳税人按规定计算并列入成本费用的工资额超过实际发放的工资部分，应按市地方税务局、财政局《转发关于工效挂钩企业工资税前扣除 口径问题的通知》(穗地税发(1998)205号)和我局《关于我市企业所得税征收管理若干问题的通知》(穗地税发(2000)15号)的有关规定处理，即：在计算企业所得税时，作纳税调整增加处理；超过部分用于建立工资储备基金，在以后年度实际发放时允许在税前扣除，即在实际发放年度计算企业所得税时，作纳税调整减少处理。
对建立工资储备基金的纳税人，须设置备查簿详细反映工资额的应提取数、实际发放数和结余工资额度使用情况；对未设置备查簿反映上年度工资提取、发放及结余情况的纳税人，税务机关在计征所得税时应予剔除计算。
(十一)在年度企业所得税汇算清缴时，对实行工效挂钩形式但未完成考核指标的国有企业，应按工效挂钩办法规定扣减效益工资。对实行其他挂钩形式未完成考核指标的纳税人，应相应扣减提取的工资额；但为照顾企业职工的积极性，一般扣减后的金额不低于核定工资总额基数的80%；扣减工资额的计算公式如下：应扣减工资总额＝核定计税所得额-实际计税所得额实际可计工资总额＝应计计税工资总额-应扣减工资总额
(十二)纳税人必须严格按本通知规定在税前列支工资。在纳税人年度所得税汇算清缴期结束后，不论纳税人自查或主管地方税务机关纳税检查查增的应纳税所得额，均不得作为本年度计提工资总额的考核指标。
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