负责河道、水库、湖泊等水域及其岸线、河堤、海堤、河口和滩涂以及水利工程的管理和保护工作；对江河海堤和水利工程的防洪安全进行行业管理；对水库大坝安全实施监督管理；协管水费、堤防费的征收。
(六)基本建设处
组织、协调、监督大中型水利工程的建设与验收，对水利工程建设进行行业监管；组织水利建设大中型项目的报建、主体工程开工审批及工程后评价；管理水利建设市场，负责监督指导工程招投标、建设监理和工程质量。
(七)水保农水处
负责水土保持工作和组织水土保持重点治理工作，协调水土流失综合治理；拟订水土保持规划、措施并组织实施；指导水利基层组织的队伍建设，组织重点农水基建管理工程建设和技术审批；负责农田水利、农村乡镇供水、人畜饮水建设、农村节水工作。
(八)科技与外经处
拟订水利科学技术和教育发展规划；负责水利科研立项审批、管理、鉴定、登记、报奖及科技成果的推广工作；管理计量、标准化工作；负责职工培训工作；指导厅属科研机构、高职院和技工学校的业务工作；承办水利方面涉外事宜和外事管理，组织水利行业对外经济、技术合作与交流。
(九)人事处
负责厅机关公务员管理工作；组织、指导直属单位机构编制、人事、劳动工资工作；指导本行业劳动保护；归口管理安全生产；组织专业技术职务的评聘工作。
(十)监察室(与纪检组、机关党委办公室合署)
负责厅机关及指导直属单位的监察、纪检工作；负责厅机关和指导直属单位的党务、宣传教育、组织、统战、共青团、妇联等工作。
省水库移民工作办公室，主要负责水利部门管理的水库移民安置工作。
省防汛防风防旱总指挥部办公室，挂靠水利厅，主要负责防汛防风防旱总指挥部的日常工作。负责组织、协调、监督、指导全省防洪工作，对大江大河和重要水利工程实施防汛、防风、抗旱调度。
四、厅直属行政单位
水利水政监察总队，主要负责《
水法》、《
水土保持法》、《
防洪法》及有关法规实施监督检查；负责查处违法行为；依法征收水资源费及其他费用。
