拟订本市医学科技发展规划和科研课题计划，并组织实施；组织重点卫生科研攻关和医学科技成果鉴定、开发、推广应用；负责申报组织管理医药卫生方面的国际合作课题，组织本系统公费派遣出国进修人员的选拔工作及归国人员的课题管理工作；负责医学实验动物和卫生科普知识普及工作；拟订医学教育发展规划，研究提出医学院校的办学方向、规模和专业设置的意见；协助有关部门做好医学院校办学条件、教学质量的评估和管理；负责各类专业技术人员和管理人员的岗位培训、专业培训和继续教育工作。
　　(八)北京市爱国卫生运动委员会办公室
　　拟订本市爱国卫生工作的政策和措施，并组织实施；统筹协调开展爱国卫生工作，组织开展除四害、讲卫生、普及卫生知识活动，组织实施社会卫生整体效果评价；负责农村改水、改厕和创建卫生村镇工作；负责公共场所禁止吸烟监督检查和执法工作。
　　(九)药械处
　　对全市医疗机构(军队医疗机构除外)大型医用设备的配置、应用质量和人员实行监督管理；医疗设备(包括医用高压氧舱、计量器械和一次性医用器械)的临床应用管理；负责对医疗机构制剂、药品(包括毒麻药品)的具体管理；负责组织监督医疗机构对药品的集中采购。
　　(十)献血办公室(血液管理处)
　　推行无偿献血制度，宣传、动员公民无偿献血；制订并下达全市献血指标；监督管理采供血机构及临床用血质量；指导医疗机构科学、合理用血；负责本市血液调剂工作；依法处罚献血工作中的违法行为。
　　(十一)发展计划处
　　制订区域卫生规划、编制卫生事业发展的中长期规划与年度计划及基本建设年度计划并组织实施；负责本系统的住房制度改革工作；监督管理医院污水、污物的治理工作。
　　(十二)物价处
　　负责本市卫生行业的医疗服务收费、行政事业性收费和药品、血液及制剂收费的管理、监督、检查工作；拟订新医疗服务项目收费标准；组织对医疗卫生单位、区县卫生局物价专职人员的培训工作。
　　(十三)外事处
　　负责接待外宾参观访问；负责办理本系统人员出国(境)手续；负责组织援外医疗队、劳务输出、赴国(境)外考察、技术培训及智力引进等工作；负责审核及管理本系统合资项目；组织医学交流、国际医学会议、国际科技合作以及对外宣传工作；负责世界卫生组织北京合作中心的工作。
　　(十四)保卫处
　　负责监督、指导直属单位开展安全、治安、防火、防盗工作，监督管理易燃易爆物品；组织开展安全宣传教育工作。

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