(二)统一管理全区水资源(合空中水、地表水、地下水)。组织拟订全区和跨地(市)水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关全区国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全区水资源公报。
(三)拟订节约用水规划和具体措施，组织、指导和监督节约用水工作。
(四)按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
(五)组织、指导水政监察和水行政执法；协调部门间和地(市)间的水事纠纷。
(六)拟订水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节，指导水利行业的供水、水电管理及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
(七)编制、审查大中型水利基建项目建议书和可行性报告；组织重大水利科学研究和技术推广；组织拟订水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范，经批准后，负责监督实施。
(八)组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导江河、水库、河口滩涂、海岸滩涂、海堤的治理和开发。
(九)负责全区农工程建设的行业管理，组织建设和管理具有控制性的或跨地(市)的重要水利工程。归口管理全区水利工程、水利综合经营；组织、指导水库、水电站大坝及河海堤防的安全监管。
(十)指导全区农村水利工作；组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水、农村人畜饮水工作。
(十一)组织全区水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
(十二)对全区水文工作实行行业管理。
(十三)负责全区水利系统的科技、教育、国际合作工作；指导、管理全区水利系统的队伍建设。
(十四)承担自治区防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全区防洪工作，对区内重要河道、水利工程实施防汛抗旱调度，配合建设部门做好城市排涝工作。
(十五)办理自治区人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治区水利厅设7个职能处(室)：
(一)办公室
协助厅领导对各处室工作进行综合协调、组织机关日常工作，负责重要会议的组织和重要接待工作；负责宣传、文秘、行政、档案、保密、信访、机关财务工作及机关内部规章制度建设，负责机关基建、国有资产管理。负责制定机关后勤服务规则，与机关服务中心签订服务合同及监督合同的实施。
