(六)污染控制与环境监理处
监督管理废气、废水、废渣、粉尘、有毒化学品、噪声、振动以及机动车污染防治工作；组织实施排污申报登记、排污许可证发放、排污收费管理、污染限期治理和达标排放工作；组织实施固体废物经营许可、有毒化学品进口登记、行政代执行等环境管理制度；审查和管理可用作原料的废物进口许可证；组织编制环境功能区划；负责超标排污费和排污水费征收工作；负责环境监理；指导城市环境综合整治工作；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织创建国家环保模范城市；调查处理重大环境污染事项及跨地区、跨流域环境污染纠纷和生态破坏事件。
(七)自然生态保护处
管理全省及重点区域、流域的生态环境；监督实施重点流域、重点区域环境功能区划；监督管理自然环境保护；监督自然资源开发活动中的生态环境保护；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、旅游度假区、饮用水源保护区、森林公园环境保护；监督检查生物多样性、野生动植物、湿地环境的保护；提出新建的各类省级自然保护区审批建议；指导生态示范区建设；监督海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作；负责农村生态环境保护；负责生态监理工作；承担杭嘉湖水污染防治领导小组办公室工作。
(八)核应急办公室(辐射环境管理处)
承担辐射环境、放射性废物管理工作；协助草拟有关地方性法规、规章草案；负责核事故、辐射环境事故场外应急工作；组织制订和实施核电厂场外应急计划；协调、联络、督促和检查各专业组的应急计划准备工作；对电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行统一监督管理；承担省核电场外应急委员会办公室的日常工作；调查处理有关辐射污染纠纷。
(九)建设项目管理处
拟定和组织实施开发建设活动环境影响评价、“三同时”等各项环境管理制度、政策；按国家和省规定审定开发建设活动环境影响报告书(表)；组织本省重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划环境影响评价工作；负责对环境影响评价单位的资质审查和管理；指导全省建设项目环境管理工作。
机关党委。负责局机关及直属单位的党群工作。
此外，保留世行贷款项目办公室(挂国际合作办公室牌子)。
四、人员编制
省环境保护局机关编制为57名(含核应急办编制8名，后勤服务人员编制8名)。其中：局长1名，副局长3名；处级领导职数19名(合机关党委专职副书记1名)。
