(二)人事教育处
　　承办局机关并管理直属单位人事、劳动工资、机构编制等工作；拟订本行业职工队伍建设规划和措施，指导本行业各类人员的培训；管理和指导本行业特有工种职业技能鉴定；按照管理权限，负责局机关及直属单位出国人员的政审；承办直属单位局管干部的管理。
　　(三)计划财务处
　　研究提出本行业发展战略和中长期发展规划、市场体系和服务体系建设规划和年度经济预测指标，经批准后组织或监督实施；协调本行业各产业间的结构调整与综合平衡工作；指导本行业重大项目的立项、项目审核、申报；管理局各项资金，编制局年度行政经费和本级事业经费预算和决算；研究提出资金管理和分配使用方案；负责本行业有关统计调查资料汇总及分析编报，定期整理印发有关统计数据资料；指导局机关及直属单位的财务管理和会计预算；监督直属单位国有资产管理。
　　(四)科技与对外合作处
　　研究拟订本行业科技中长期发展规划和科技体制改革、科技推广体系建设及科技进步的政策，经批准后组织监督实施；承办本行业重大科研和技术推广项目的遴选和实施工作；管理本行业科技成果和科技保密工作；承办本行业优质产品的认证、管理工作；指导渔、牧(农)民“绿色证书”工程的实施工作；协调拟订本行业标准化工作规划；监督实施本行业国家标准和行业标准；负责本行业对外经济技术合作与交流；协助处理本行业涉外事务和协助组织水产种苗、畜禽品种以及本行业产品进出口贸易和技术、劳务输出；指导本行业科研、学术社团组织为水产畜牧业经济发展服务。
　　(五)渔业执法行政监督管理处
　　研究起草渔政、渔港监督和渔业无线电管理等法规和规章草案；监督检查渔业法律、法规、规章以及本局规范性文件在本行政区内的执行；承办处理本行政区域重大涉外渔事纠纷、维护国家海洋和淡水管辖水域的渔业权益工作；监督国际渔业公约和双边、多边渔业协定在本行政区域的执行；代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权；负责保护渔业资源、渔业水域生态环境、水生野生动植物资源工作；调查处理重大渔业水域污染事故；承办渔业、水生野生动物管理等有关证件的审批、发放、注销；负责渔港、渔船和渔业无线电管理的工作；负责对重大渔业水上交通安全事故调查处理；协调省际间渔业纠纷；指导渔业执法队伍建设；统一建造、购置、调拨重大的执法装备。
　　(六)渔业生产管理处
　　研究拟订渔业生产发展规划、开发规划、年度经济预测指标，经批准后组织实施；负责海洋捕捞生产的渔场、渔汛、渔情的预测、预报和新渔场的开发；负责制订水产养殖基地建设规划和养殖品种结构调整与生产布局规划，优化养殖品种结构和布局调整；拟订水产原(良)种场体系建设规划；承办国家级水产原(良)种场审核申报及自治区级水产原(良)种场资格审查、生产经营许可证的审核发放工作；指导水产种苗、养殖新品种(良种)的管理工作；参与水产种苗的检疫和优良品种引进和出口的审核申报工作；负责水产养殖病害防治工作，制订水产养殖病害防治网络建设规划并组织实施；制订水产养殖病害监测和控制计划并组织实施，发布重大病害信息，并组织处理。

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