(三)研究提出深化本行政区水产畜牧业、饲料工业经济体制改革的意见，指导本行业社会化服务体系建设；草拟本行业大宗产品市场体系建设与发展规划，指导协调本行业产品的加工流通工作，促进水产畜牧业产前、产中、产后一体化；研究、预测并发布本行业主要产品、生产资料供求情况等经济信息。
(四)指导本行政区渔业资源、草地资源、畜产资源的合理开发利用及水产畜牧业物种资源的保护和管理；负责保护渔业水域生态环境和水生野生动植物工作；负责调查处理重大渔业水域污染事故；参与退耕还草规划。
(五)研究制订本行政区水产畜牧业、饲料工业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划和措施，实施科教兴渔、科教兴牧战略；组织本行业重大科研和技术推广项目的遴选及实施；负责本行业科研成果的管理；指导和实施本行业人才资源开发、“绿色证书”工程、职业技能鉴定及各类人员的培训和管理工作。
(六)组织拟订水产畜牧业、饲料工业产品技术标准以及渔船、渔机、网具等建造规范和技术标准，并监督实施；组织实施水产品、畜禽产品的质量监督和新产品的保护工作；组织协调兽药、渔药、饲料等投入品质量的监测、鉴定和执行监督管理；组织兽医医政、兽药药政药检工作；监督动物的防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭。
(七)承办处理重大涉外渔事纠纷，维护国家海洋和淡水管辖水域的渔业权益的工作；监督国际渔业公约和双边、多边渔业协定在本行政区域的执行；代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权。
(八)组织本行业国际经济技术合作与交流；组织协调远洋渔业开发；管理水产种苗、种畜禽及技术的引进和出口工作；承办外国政府或国际组织对本行业提供项目贷款及提供援助的事务，并组织或监督实施。
(九)按照管理权限管理局机关及直属单位的人事、劳动工资、机构编制工作；指导直属单位的工作及本行业社团组织为水产畜牧业、饲料工业经济发展服务。
(十)承办自治区人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治区水产畜牧局设8个职能处(室)：
(一)办公室
协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责机关财务、基础设施建设、环境秩序、固定资产的管理和后勤服务规划等工作；承办局综合性会议、文电、政务信息、新闻宣传、保密、信访、档案、督查督办等工作；组织起草有关综合性材料、文件；组织协调本行业法规、规章草案的起草、协调和送审工作；负责审定本局涉及行政执法的规范性文件；负责对其他部门起草的法规、规章中有关本行业的条款报出审核意见；承担局行政复议工作及行政应诉工作；制订局机关有关规章制度并组织实施；指导机关后勤服务中心工作。
