离退休人员工作处。负责厅机关离退休人员的管理与服务工作；检查、督促、指导直属单位离退休人员的管理工作；做好离退休人员政治、生活待遇的落实工作；组织离退休人员开展健康有益的文体活动。
机关党委。负责厅机关和在邕直属单位的党群工作。
自治区乡镇企业管理局5个：
(一)办公室(增挂人事处牌子)
负责协调局机关政务，组织有关综合性报告的起草工作；负责对局有关会议的组织、机关文秘、信息、行政事务、机要档案以及提案、信访、保卫等工作；负责局机关及直属单位的局管干部的考核、任免、调配、奖惩及机构编制、劳动工资、专业技术职称和老干部的管理工作。
(二)产业指导处
负责研究拟订全区乡镇企业的产业发展方向，拟订乡镇企业主要行业的发展规划，并组织实施；负责有关产业和行业的指导与协调；指导协调农业产业化、乡镇工业园(区)建设，组织实施乡镇企业经济技术交流与东西合作的服务工作；负责乡镇企业外经、外贸、外资的协调工作。
(三)规划财务处
负责编制乡镇企业中长期发展战略、规划和年度计划，并监督检查执行情况；负责国家部、委、局和自治区下达的有关经费的协调、管理、使用和监督工作；指导乡镇企业的统计、财务工作，负责乡镇企业经济运行情况的信息收集与分析，为领导和基层提供信息服务；负责与计划、财政、税收、统计、金融等部门的联系、协调工作。
(四)科教经管处
负责指导乡镇企业体制改革、经营管理工作；负责乡镇企业系统标准化的协调和管理工作；负责乡镇企业系统的科教管理，指导乡镇企业技术改造，组织乡镇企业职工教育培训；指导乡镇企业的安全、卫生、环保工作；组织指导乡镇企业系统的内部审计工作，建立内部审计体系，实施审计监督。
(五)政策法规处
监督检查乡镇企业贯彻国家法律、法规和政策情况；组织或参与起草乡镇企业综合性经济政策及其他重要的政策草案，并检查督促实施；在授权范围内，组织起草乡镇企业有关地方性法规和规章草案，经批准发布后组织实施；对有关涉及乡镇企业的综合性经济政策、地方性法规和规章草案提出修改建议；负责乡镇企业舆论宣传工作，组织参与乡镇企业的理论研究和学术交流工作。
机关党委。负责局机关和在邕直属单位的党群工作，办事机构设在办公室。
四、人员编制
自治区农业厅机关行政编制81名，机关事业编制6名。其中：厅长1名，副厅长3名，处级领导职数35名(含机关党委专职副书记1名)。
