(二)人事处
负责社机关和直属单位的编制、人事、劳动工资、专业技术职称的管理工作。
(三)财会审计处
组织实施国家有关财务、会计、审计、税务、信贷的法规、制度；指导系统财会、审计、基建工作以及增收节支、扭亏增盈工作；草拟系统的基建规划和年度计划；负责管理机关行政财务和监管直属单位的社有资产；负责对直属单位的财务收支、经济效益、经理(厂长)离任和其他专项审计工作；负责草拟直属企业经营目标责任制，草拟企业盈余分配制度；协助合作指导处搞好社员股金管理和清理整顿工作。
(四)综合业务处
负责研究草拟全区系统的购销业务发展规划和年度计划；参与拟订全区农业生产资料和重要农副产品的产销平衡、储备和进出口计划以及农业生产资料、农产品市场建设规划；指导系统的商品购销、进出口贸易、民族贸易、科技工业、扶贫开发、种养业的发展工作；组织对农村市场的分析和预测，做好商情信息服务工作；协同有关部门管理系统质量、标准和认证工作；研究制订本系统教育发展规划，负责本级和系统职工的教育与科技培训及所属教育机构管理。
(五)合作指导处
指导全系统和直属企业的体制改革；组织指导系统完善经营责任制、专业合作社、饮食服务业、安全储运、企业管理等工作；负责系统社员股金的管理和清理整顿工作；指导系统精神文明建设、思想政治工作和普法宣传教育；负责系统全区性争先创优活动的开展和评比表彰工作；协调与有关部门的关系，承担法律咨询、代理诉讼和系统内部经济纠纷的调解工作，依法维护各级供销社的合法权益。
离退休人员工作处。负责机关离退休人员的管理和服务工作，指导直属单位离退休人员的管理工作。
机关党委。负责社机关和直属单位的党务、工会、共青团、妇女、计划生育工作；协助联社党组抓好两个文明建设工作。
三、监事会
根据中发[1995]5号、桂发[1996]2号文件规定，自治区供销合作联社设立监事会，下设监事会办公室，其人员组成和主要职责接自治区供销合作联社章程确定。
四、人员编制
自治区供销合作联社机关事业编制(合离退休工作人员事业编制)56名。其中，理事会主任1名，副主任2名；监事会主任1名，副主任1名；处级领导职数18名(含机关党委专职副书记、监事会办公室负责人各1名)。
