(二)科研机构要按照实现产业化、建设以企业为主体的技术创新体系的总体要求，从实际出发，自主选择改革模式，包括转变为科技型企业、整体或部分进入企业，转为技术服务与中介机构等。
有条件的科研机构可实行科工贸一体化，向产业化方向发展，转化为研究、开发、工程设计和生产、经营一体化的科技型企业，或联合、兼并、收购企业，发展成为企业集团，也可分流部分科技人员从事科技中介、咨询服务工作。这类科研机构要将主要研究开发力量转向研究开发新产品、新技术。
推动部分科研机构直接进入企业或企业集团，成为企业的技术开发机构、子公司、分公司或其它分支机构，可不改变独立法人地位，继续以原科研机构名称从事科研开发活动。进入国有独资企业或企业集团的，其国有资产经评估后可划转给所进入的企业；进入其它性质企业(集团)的，其资产经评估后作为国有资产投资，授权其原行政主管部门或确认的出资者对投入的国有资产进行监管。推动部分科研机构整体或将所属的企业法人，通过吸收法人和自然人的投资入股，或通过吸收内部职工入股，按照《
公司法》改组为股份有限公司或有限责任公司，有条件的可以创办中外合资、合作经营企业。
允许效益较差，规模较小，净资产在500万元以下、人员在100人以下的科研机构，按程序报经批准，通过兼并、租赁或委托经营等方式进行改造，也可出售给集体或个人。
(三)为改变我市科研机构重复设置和学科及专业结构单一的状况，按照“政府引导，自主选择”的原则，对部分专业或学科相同或相近的科研机构，以及国务院部门属下放给我市管理的科研机构，实施必要的重组、归并、联合。在光机电专业类科研机构的基础上，组建重庆市光机电技术研究机构；在自动化信息技术类科研机构的基础上，组建重庆市自动化工程研究机构；农口畜科类、林果类等科研机构，在条件成熟时也要进行重组改革。
(四)根据我市高新技术产业和社会公益事业发展的需要，按照市场运作的原则，依托有条件的科研机构，组建若干体现重庆优势和特色的市级重点实验室和工程技术中心，主要从事应用性基础、高新技术产业、社会公益事业、农业和行业重大科技攻关项目等方面的研究，培养100名学科和技术带头人。政府在有关政策、基础设施建设、仪器设备等方面将给予支持。市科技行政管理部门会同有关部门对重点实验室和工程技术中心实行动态管理，并定期进行考核评估，对考核评估不合格的，应予以取消。
