(二)科研机构独立于企业之外，与科技成果转化脱节。我市科研机构多数游离于企业之外，普遍存在重研究、轻开发的现象，来自企业的科研任务少，与企业结合的技术开发少，致使科技成果转化困难，加之政府的科技投入有限和分散，造成技术创新能力弱，产业化程度不高，许多科研单位仅能维持生存。
(三)科研机构运行机制不活，内部缺乏活力，人员结构不合理。科研机构内部管理“机关化”，从机构设置、运行机制、分配办法等方面套用机关管理模式，没有真正引入市场机制。高学历、高层次的专业技术人员少，人才流失严重。
(四)科研机构不具备法人财产权，使存量资产未能很好发挥效益。
(五)与科研机构改革相配套的社会保险、人员分流等政策滞后，影响科研机构改革的积极性，职工顾虑重重，改革难以深入。
这些问题已严重制约了我市科研机构的发展，只有加快科研机构体制改革的步伐，才能从根本上改变这种状况，建立起充满生机与活力的新的管理体制和运行机制，以适应社会主义市场经济发展的需要。
二、指导思想和总体目标
(一)指导思想
坚持“科学技术是第一生产力”的思想，进一步贯彻落实“经济建设必须依靠科学技术，科学技术工作必须面向经济建设”和“加强技术创新，发展高科技，实现产业化”的方针，以企业化改革为总方向，积极稳妥地推进科研机构的结构调整、人才分流和机制转换，建立充满生机与活力的新的管理体制和运行机制，提高科研机构的自主创新能力和综合实力。
(二)总体目标
在3至5年内，建立起以企业为主体，科研机构、高等学校为依托，以市场配置资源为基本途径，以提高经济整体素质和综合竞争力为目的，适应社会主义市场经济和高新技术产业发展的技术创新体系。
建立以企业为主、各类科技企业积极参与、产学研相结合的技术开发体系；以科技咨询、科技服务为主的社会化服务体系；以体现重庆特色和优势的科研机构、重点实验室、工程技术中心或其他科研基地为主的科学研究体系。
(三)实施原则
1．坚持深化改革、加快发展和保持稳定的原则。通过改革，建立新型的科研机构管理制度和现代企业制度，增强科研机构自身的综合实力。改革将根据广大科技人员的承受能力和不同情况分步实施。
2．坚持市场导向与政府推动相结合的原则。由科研机构按照市场导向自主选择改革模式，搞好国有资产的营运和管理。各级政府要为科研机构体制改革创造良好的政策环境。
3．坚持精简效能的原则。统筹规划，合理布局，根据我市高新技术产业和社会公益事业发展的需要，选择部分重点科研机构予以扶持。
