根据上述职责，省政府经济体制改革办公室设6个职能处室：
(一)秘书行政处
负责提出年度经济体制改革的任务、重点和实施建议，起草综合性材料；办理机关文秘、信息、档案、机要、提案、信访、人事、保密、财务、行政等工作；管理直属事业单位。
(二)综合体制处
负责全省宏观经济调节的重点问题研究；研究论证财政、税收、物价改革、金融市场培育发展、投融资体制、收入分配、就业政策、劳动保障等重大体制改革问题以及相应的配套措施，并提出对策建议。
(三)产业体制处
负责微观经济的重点问题研究；研究一、二、三类产业协调发展的政策、建议和相关措施；研究培育新兴产业的思路和规划；重点研究企业与市场相衔接的政策、措施及提出相关建议；重点研究各类市场和中介机构的培育、完善和提高。
(四)城乡体制处
负责研究论证全省推进和深化城市管理体制和农村经济体制改革的方案政策，指导有关方案政策的实施；组织、协调、指导县级和城镇综合改革试点工作；协调、指导省中心镇的改革和发展工作；研究城市与农村经济社会协调发展的体制和政策，协调、指导推进城乡一体化的体制改革和政策实施；配合有关部门研究深化土地使用制度改革和社区股份制政策。
(五)社会体制处
负责研究科教文卫体制改革与经济体制改革的衔接、配套政策；负责研究市场经济体制下各类社会事业发展的微观机制的完善和宏观平衡；参与研究和制订科教文卫等有关领域的改制方案及其配套政策；跟踪调查科技要素在宏观、微观经济运作中的作用及其发挥程度问题，促进科技与经济的密切结合；研究政府管理经济的职能转变和重大改革。
(六)开放体制处
研究论证全省对外开放的重大方针政策和提高对外开放水平的建议，研究加入WTO后全省经济体制的发展态势和加强外经、外资、外贸工作的对策思路。
机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。
保留改革与发展研究所。
四、人员编制
省政府经济体制改革办公室机关编制为25名(含后勤服务人员编制3名)。其中：主任1名，副主任2名；处级领导职数11名。
改革与发展研究所事业编制10名。
办机关离退休干部工作人员编制按有关规定另行核定。
纪检、监察机构的设置、人员编制和领导职数按有关文件规定执行。
