同时，机关后勤体制改革还存在一些问题和困难：一是思想解放的深度不够，开拓创新意识不强，发展速度较慢；二是机关后勤体制改革缺乏操作性较强的相关配套政策的指导和强有力的业务协调；三是管理职能和服务职能分离难度很大，服务中心与办公室在职能划分上还不够明确，机关与中心的工作关系没有完全理顺，服务补偿的核算关系尚未建立；四是区级机关后勤服务网点散、经营规模小，造成了人、财、物的闲置和浪费；五是后勤服务中心对外经营创收困难较多，具体体现在会管理、懂技术的人才少，服务设施趋于陈旧老化，创办经济实体缺乏起步资金和优惠政策的扶持。
二、深化区级机关后勤体制改革的主要内容
深化区级机关后勤体制改革是自治区党政机构改革的重要内容。要以邓小平理论和党的十五大精神为指导，坚持管理科学化、服务社会化的方向，加强机关后勤管理的规范化、制度化建设，转换服务机制，推进后勤服务商品化、市场化，促进服务联合，逐步建立与社会主义市场经济和自治区经济发展水平相适应的机关后勤保障体制，为机关职能活动高效、有序地运行提供高质量的后勤服务。
(一)规范机关后勤管理与服务职能。
自治区机关事务管理局是自治区区级机关后勤行政管理的主管部门，要按照精简、统一、效能的原则，加强宏观管理，提高后勤管理科学化水平，积极探索、稳步推进区级机关政府采购、国有资产、机关公务用车、办公用房、物业管理等后勤保障制度的改革和建立。
各部门机关后勤行政管理工作由机关办公室承担(不设办公室的，由承担机关后勤行政管理职能的相关处室负责)，其主要职责是：管理机关行政经费；监管机关国有资产；与机关服务中心签定并履行服务合同，各部门可根据机关后勤改革的实际，将原列人行政管理职能的一些服务性、事务性较强的管理工作，如基建与修缮工程的组织、房产管理、环境秩序等，可委托服务中心承担，但必须予以经费保证。
机关服务中心的主要职责是：承担机关的后勤保障工作，根据机关后勤服务工作规划和要求，与机关签定并履行服务合同；承担机关委托管理的部分服务性、事务性工作；承担机关交由其占有、使用的国有资产管理工作，确保经营性资产保值增值。
(二)加强财务管理，逐步建立结算制度。
机关服务中心的财务管理要与机关行政财务分开。机关服务中心执行事业单位财务管理制度，建立健全内部财务管理办法和成本核算制度。机关服务中心所属服务经营单位可根据其性质执行相应的财务制度。
自治区财政按照机关后勤服务商品化、市场化的要求，相应调整和完善现行的机关行政经费预算标准体系，并随着市场经济发展和价格指数的变化，相应调整经费预算标准，以提高机关在后勤服务费用土的支付能力。
