(七)种植业管理处(水产资金、项目办公室)
研究提出全区种植业发展的重大技术措施，指导种植业结构和布局的调整；提出耕地保护、补偿与改良的政策措施；组织化肥、农药、种子等产品的质量监督、检验、登记；组织种子及其资源的品种审定；组织农业植物内检工作；组织、协调重点农业基地建设和农业重点项目的实施；承担农业抗灾、救灾工作；协助有关部门搞好农业综合开发、基本农田保护及发展农区畜牧业等工作；参与汇总制定水产资金、项目计划，并监督实施。
(八)园艺特产处
指导全区瓜、果、蚕桑、蔬菜及养蜂、药材、花卉等品种的生产及项目结构布局调整；负责拟定瓜、果、蚕桑、蔬菜等园艺特产商品生产基地建设计划，组织开发名优特新产品；负责瓜、果、蚕桑等质量的监督管理；指导瓜果中心、蚕桑所、种蜂场工作；参与协调组织新疆瓜果外调工作。
(九)对外经济合作处(“塔里木农业二期”项目办农业处)
贯彻执行有关农业对外经济的方针、政策、法规；归口管理并负责全区农业对外经济技术交流与合作；负责对外合作项目的编制申报和组织实施；研究提出全区农业外资利用规划、计划；承办日常农业涉外事务。
机关党委：负责机关党的建设工作、精神文明建设工作；指导厅直属单位的党群工作。
纪检组、监察室：是自治区纪委、监察厅的派驻机构，负责机关和直属单位、指导本系统的纪律检查和行政监察工作。纪检组与监察室合署办公，一个机构两块牌子，履行党的纪律检查和政府行政监察职能。行政编制4名(不含纪检组长)，处级领导职数2名。
四、人员编制
自治区农业厅机关行政编制为58名。其中：厅级领导职数5名(含纪检组长)，处级领导职数25名(含机关党委专职副书记1名)。
老干部工作处，单列编制12名，领导职数2名。
五、事业单位和编制
(一)机关服务中心，县级，事业编制17名。领导职数2名，全额预算管理。
(二)新疆维吾尔自治区农村合作经济经营管理局，县级，事业编制19名，领导职数3名，全额预算管理。赋予行政执法、行政监督和行政管理职能。
(三)自治区农业厅地方国有农场管理局，县级，事业编制6名，领导职数2名，全额预算管理。主要负责自治区地方国有农场(园艺场)的管理与发展。
(四)自治区农业区划资源资料库移交农业厅管理，县级，事业编制15名，领导职数2名，经费实行全额预算管理。
