(三)研究提出深化农村经济体制改革的意见；指导全区农业社会化服务体系建设和乡村集体经济组织、合作经济组织建设；按照中央和自治区的要求，稳定和完善农村基本经营制度、政策，调节农村经济利益关系，指导、监督减轻农民负担和耕地使用权流转工作；按规定负责有关农业建设项目的管理，调控和管理农业专项发展资金。
(四)研究制定全区农业产业化经营的方针政策和大宗农产品市场体系建设与发展规划，促进农业产前、产中、产后一体化；组织实施并管理菜篮子工程和农产品市场体系建设；预测并发布农业产业产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息。
(五)组织全区农业资源区划、生态农业和农业可持续发展工作；指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农村可再生能源的开发利用及农业生物物种资源的保护和管理。
(六)制定全区农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的发展规划和有关政策；组织重大农业科研和技术推广项目的遴选及实施；指导农业教育和农业职业技能开发工作。
(七)拟定全区农业产业技术质量标准并组织实施；组织实施农业产业产品及绿色食品的质量监督、认证和农业植物新品种的保护工作；组织协调种子、农药等农业投入品质量的监测、鉴定和执法监督管理；组织区内生产及引进种子、农药、有关肥料等产品的登记工作。
(八)组织、监督区内植物防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭。
(九)承办全区农业涉外事务和农业方面的对外经济技术交流与合作，实施与管理利用外资项目；协调管理自治区与有关国际农业组织在自治区实施的项目。
(十)指导协调地方国有农场(园艺场)的经济和社会发展工作。
(十一)指导直属事业单位的工作及厅属企业改革，监督厅属企业国有资产保值增值；按照权限管理直属单位人事、劳动工资、机构编制、职称等工作；指导有关社会团体为农业经济发展服务。
(十二)根据规定，管理自治区乡镇企业管理局和自治区农牧业机械管理局。
(十三)承办自治区人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治区农业厅设9个职能处(室)：
(一)办公室
协助厅领导处理日常工作，协调机关政务工作；承办重大会议的组织、文电、政务信息、新闻宣传、保密、信访、督查、档案和保卫等工作；组织有关综合性报告、文件的起草；拟定厅机关有关规章制度并组织实施；负责议案、提案的办理工作；负责厅机关财务工作。
