1．被合并企业可不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳企业所得税。被合并企业在合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承继，以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。具体按下列公式计算：
某一纳税年度可弥补救合并企业亏损的所得额=合并企业该纳税年度未弥补亏损前的应纳税所得额×(被合并企业净资产公允价值÷合并后合并企业全部净资产公允价值)。
2．被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权(以下简称旧股)交换合并企业的股权(以下简称新股)，不视为出售旧股，购买新股处理。但上述股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。
未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，扣除相应的旧股的成本，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。
3．合并企业接受被合并企业各项资产的计税成本，不能以企业为实现合并而对有关资产进行评估的价值(或公允价值)计价，而须按被合并企业原帐面净值为基础确定。
(三)关联企业之间通过交换普通股实现企业合并的，必须符合独立企业之间公平交易的原则，否则，对企业应纳税所得造成影响的，税务机关有权进行调整。
(四)如被合并企业的资产与负债基本相等或负债大于资产(或资产)，即帐面净资产几乎为零或负资产，合并企业以承担被合并企业全部负债的方式实现吸收合并，不视为被合并企业按公允价值转让、处置全部资产，不计算被合并企业资产的转让所得。合并企业接受被合并企业各项资产的计税成本，须以被合并企业原帐面净值为基础确定。被合并企业合并以前年度的亏损，也不得结转到合并企业弥补。被合并企业的股东视为无偿放弃所持有的旧股。
二、企业分立业务的所得税处理
分立是指一个企业依照有关法律、法规规定或合同约定，分立为两个或两个以上的企业的法律行为。包括被分立企业将部分或全部营业分离转让给两个或两个以上现存或新设的企业(以下简称分立企业)，为其股东换取分立企业的股权或其他财产。企业分立业务应按下列方法进行所得税处理：
(一)通常情况下，被分立企业应视为按公允价值转让其被分离出去的部分或全部资产，计算被分立企业的财产转让所得或损失，依法缴纳企业所得税。分立企业接受被分立企业的各项资产，在计税时可以按经评估确认的价值(或双方交易价格)为基础确定。
