改革研究机构内部管理制度，积极探索实行理事会决策制、科学技术委员会咨询制、职工代表大会监督制，全面推行科技人员聘任制，逐渐实行从业人员公开招聘制。改革分配办法，坚持按岗定酬、按绩取酬。探索生产要素参与分配的办法和途径，科技人员可以技术投入和服务等形式参加二次分配。对单位转让科技成果，允许科技成果完成人享受不低于成果转让所得净收入20％的奖励。对自行实施或以合作方式转化的单位，可在项目盈利后3-5年内每年从实施该项成果税后净利润中提取不低于10％的收益，奖励成果完成人。允许科技人员在完成本职工作、不损害本单位合法利益的同时，发挥专长，自办科技企业和中介机构，也可到其它单位从事兼职兼薪工作。
五、建立强有力的农业科技保障体系
(一)加大对农业科技的投入。各级政府要增加对农业科技的投入，市和各区县(自治县，市)财政在“科三费”和农业资金中，每年对农业科技投入的增长速度要高于其财政收入的增长速度。通过建立“绿箱”农业科技专项等政策形式，增加农业科技研究和科技成果转化资金。市和区县(自治县、市)“科三费”用于农业的比例不得低于30％，涉及防治水土流失、农业综合开发、水利工程、生态环境建设工程、农业商品基地建设、种子工程、“菜篮子”工程等农业重大工程项目，在工程经费中安排2―3％的比例作为农业科技专项费(国家明文规定的除外)。科技专项费仍由工程管理部门管理，用于科技人员参与完成与工程有关的科技工作，科技、财政、审计等部门要加强对经费到位和使用情况的监督检查。
大力鼓励，吸引社会力量增加农业科技投入。农业企业要将一定比例的收入用于研究开发上作。鼓励企业、个人等社会力量捐资成立农业科技基金，用于支持农业科技研究、开发、推广和奖励农业科技人员；其基金经有关部门批准，可以企业或个人名义冠名。政府对科研单位、企业或个人投资开发的、社会效益显著、知识产权不易保护的农业科研成果，可采用政府收购或补助的办法予以支持。
认真落实支持农业科技发展的税收优惠政策。农业企业从事技术创新的费用，可全额计入生产成本捐赠者通过中国境内的非盈利的社会团体、国家机关，面向农业院校用于改善办学条件、设立助学金、奖学金、科研基金的捐赠，在年度应纳税所得额3％以内的，可以在企业所得税税前扣除中央在渝农业科研机构和市属农业科研机构，自改制为企业之日起至2003年止，免征企业所得税和科技开发自用土地的城镇土地使用税对进入国家级开发区和北部新区，享有出口权的生产型农业科技企业，当年出口产品产值达70％以上的，可按10％的税率征收所得税；农业科研单位取得的技术转让、技术开发、技术咨询、技术服务业务收入，免征营业税对农业科研机构开展技术成果转让、技术培训、技术咨询，技术报务、技术承包所取得的技术性服务收入，5年内免征企业所得税；对农业企业进行技术转让，以及在技术转让过程中发生的技术咨询、技术服务、技术培训的所得，年净收入在30万元以下的暂免征企业所得税；对直接用于农业科研、试验的进口仪器、设备，免征增值税和关税对农业科研机构转化职务科技成果，以股份或出资比例等股权形式给予科技人员个人奖励，经主管地方税务机关审核后，暂不征收个人所得税。但获奖人在取得分红或股权转让收入时，应依法缴纳个人所得税。
