建立经济体制改革委员会，为市政府高层次议事协调机构，原经济体制改革委员会改为其办事机构，称经济体制改革委员会办公室。
保留人民防空办公室，为市国防动员委员会的办事机构，也是市政府人民防空工作主管部门。
调整后，市政府共设置工作部门38个(监察局与纪律检查委员会机关合署办公，列入市政府工作部门序列，不计人政府机构个数)，另设议事协调机构的办事机构2个。具体机构设置见附表。
市政府工作部门可参照省分为组成部门和直属机构，具体由市确定。
四、人大、政协，法院、检察院和群众团体机关的改革
市人大、政协机关的机构改革，按照《
中华人民共和国宪法》、《
中国人民政治协商会议章程》定职责的原则，进一步完善机关职能，理顺职责关系，合理调整机构设置，精简人员编制，优化人员结构，形成运转协调、高效的工作机制，为人大依法履行权力机关职能，为政协履行政治协商、民主监督、参政议政职能，提供可靠的组织保证。
法院、检察院机构改革按照中办发[2001]9号文件精神，坚持从审判和检察工作的实际出发，完善职能配置，调整内设机构，精简人员编制，优化人员结构。
工、青、妇等群众团体机关改革，按照中办发[2000]31号文件精神，坚持有利于党对群众团体的领导和群众团体独立自主开展工作的原则；坚持依照有关法律法规和各自的章程确定职责的原则；坚持精简、统一、效能和实事求是、分类指导的原则；改进运行机制，克服行政化倾向；精简内设机构和人员编制，提高干部队伍素质。
人大、政协和群众团体机关的机构改革与当地党委、政府机关同步进行。
五、编制精简和人员分流
温州市、区机关现有行政编制3500名，按6．5％的比例上划省以下垂直管理的工商行政管理、质量技术监督、药品监督管理部门的编制228名，市、区机关编制由3272名减为2683名，减少589名，精简18％。单列管理的政法机关专项编制，按中央和省规定的比例精简，由1278名减为1154名。
市委、市政府工作部门的领导职数一般配备2至4名，不再配备部门领导助理。市委、市政府办公室主任一般由秘书长兼任，副主任可由副秘书长兼任。
