第二十条 所有增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的专用发票抵扣联，应于取得的当月月底前报主管国税机关认证，按增值税有关政策规定进行会计核算和纳税申报。
第二十一条 主管国税机关应在所属月份内完成企业申报所属月份的防伪税控专用发票抵扣联的认证。对属于“无法认证”、“认证不符”、“密文有误”、“重复认证”和“纳税人识别号认证不符（指发票所列购货方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）”的专用发票，一律不得作为增值税进项税额的抵扣凭证抵扣税款；对属于“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”和“认证不符”中的“发票代码、号码认证不符（指密文与明文相比较，发票代码或号码不符）”的专用发票，税务机关应将专用发票原件退还企业，企业可要求销货方重新开具。对属于“重复认证”、“密文有误”和“认证不符（不包括发票代码号码认证不符）”的专用发票，应移交稽查部门处理。认证完毕后，向企业下达《认证结果通知书》（附件十三）。
第二十二条 防伪税控企业应将税务机关认证相符的专用发票抵扣联连同《认证结果通知书》和认证清单一起按月装订成册备查，保存五年。
第二十三条 对属于“无法认证”、“认证不符”、“密文有误” “重复认证”和“纳税人识别号认证不符（指发票所列购货方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符）”的专用发票，防伪税控企业如已申报扣税的，应调减当月进项税额。
第二十四条 防伪税控企业金税卡需要维修或更换时，其存储的数据，必须通过磁盘保存并列印出清单。
主管国税机关必须对企业报送的软盘数据和IC卡数据进行核对，两者一致的，存入报税子系统；不一致的，区别不同情况处理：
因企业硬盘损坏等原因造成软盘中专用发票存根联份数小于IC卡数据的，必须要求企业提供当月全部专用发票存根联，通过认证子系统扫描补录，并传至报税子系统。
因企业更换金税卡等原因造成软盘中专用发票存根联份数大于IC卡份数（不含IC卡为零的情况）的，其软盘中所含专用发票存根联明细数据可读入报税子系统，但当月必须查明产生此种不一致情况的原因并采取措施解决。
因企业计算机型号不匹配造成IC卡中专用发票存根联数据为零的，根据系统提示，其软盘数据存入报税子系统或要求企业持专用发票存根联到主管国税机关通过认证子系统进行扫描补录，并传至报税子系统。
