三、内设机构
根据上述职责，农业局、林业局设13个职能科(室)：
(一)办公室
协助局领导处理日常工作，协调局机关政务工作；负责局机关会议组织、文秘、政务信息、督办、保密、接待、信访、档案、安全保卫及资产管理等工作；负责起草重要的综合性报告、文件；拟订局机关有关规章制度并组织实施。
(二)政策法规科
组织研究拟订农业林业牧业的产业政策，引导农业林业牧业结构的合理调整及资源的合理配置和产品品质的改善；研究提出林业生态环境建设、森林资源保护、国土绿化、林业产业和防治水土流失方面的综合性方针、政策；负责农业林业牧业有关产业的政策法规起草和监督检查工作；负责对其他部门政策法规起草中涉及农业林业牧业和农村经济条款的审核工作；指导农业林业牧业执法体系建设和法制宣传教育；负责执法监督、行政诉讼和行政复议工作；组织政策性和综合性调研，承担政策性文件的起草工作；研究提出农业林业牧业产品、生产资料流通、价格、进出口等政策意见。研究提出发展和完善农村合作医疗的政策措施；拟订农村合作医疗管理制度；协调农村合作医疗的关系；指导农村合作医疗工作。
(三)财务科
负责编制农业林业牧业建设资金、本部门各项经费的预算、决算及医疗保险管理；拟订农业林业牧业资金管理实施细则，监督局资产和资金的使用；负责“三高”农业专项资金、支农资金、“菜篮子”工程发展基金和农建资金的管理；市级农业林业事业费、林业基金及林业专项贷款管理；负责内部审计工作；指导农林牧行业和直属事业单位的财会工作；监督直属事业单位国有资产管理和保值增值；研究提出有关农村经济发展的财政、税收、信贷和保险等的政策建议。
(四)计划综合科(加挂市农业综合开发办公室牌子)编制农业林业牧业建设总体规划、计划；组织拟订农业与农村经济发展规划，负责农业基本建设投资项目、农业综合开发项目及农业技术改造项目的计划管理；负责农田基本建设的规划和组织实施；协调农业各产业结构调整和综合平衡；负责种植业、畜牧业、林业的统计工作；承办重大农业建设项目审批和扶持具有示范效应的产业化项目的工作；负责“三高”农业项目、农业产业化、现代化建设的综合规划、实施；负责农业综合开发项目的实施、验收和效益追踪工作；协助有关部门预测各种农用生产资料的需求情况；协同有关部门总结推广农业生产和农村经济发展中的先进经验。
(五)农村经营管理科(加挂市农村承包合同办理处牌子、市农村财务审计科牌子和市农村集体资产管理办公室牌子)
