乡(镇)卫生院的人员、业务、经费等由区县(自治县、市)卫生行政主管部门管理。在征求乡(镇)党政意见基础上，乡(镇)卫生院院长由区县(自治县、市)卫生行政部门考察聘任。乡(镇)人民政府要积极支持和配合区县(自治县、市)卫生行政部门做好本乡(镇)的卫生工作。完善乡村卫生服务管理一体化，强化乡(镇)卫生院对村卫生室的指导与监管作用，提高乡村卫生组织的综合服务能力。全市乡村卫生组织必须实行乡村卫生服务一体化管理。
三、健全农村卫生服务网络
要优化区县(自治县、市)、乡(镇)、村卫生资源配置，调整农村卫生机构的结构和布局，建立符合农村实际，能满足农民基本医疗和预防保健需求的卫生服务体系。按照《重庆市乡(镇)卫生院规范化建设标准》，将乡(镇)卫生院建成医疗、预防、保健、康复、计划生育、健康教育并重，提供社区性、综合性、便捷性、连续性服务的农村卫生枢纽。乡(镇)卫生院和计划生育服务机构要明确职能，突出服务重点，资源共享，避免重复建设。已有医疗机构的乡(镇)，不再新设立计划生育服务机构，可设计划生育技术服务科(室)专门从事计划生育技术服务工作。既有医疗机构，又有计划生育服务机构的乡(镇)，应以公共卫生、预防保健、基本医疗为主计划生育服务机构按照《计划生育服务管理条例》开展计划生育技术服务。鼓励区县(自治县、市)、乡(镇)、村卫生机构开展纵向业务技术合作，实行联合经营，提高社会、经济效益。在农村卫生服务网络建设中，要坚持“中西医并重”的原则，充分发挥中医药优势，不断满足农民群众对中医药的需求，提高中医药服务在农村卫生工作中的比重。
区县(自治县、市)级卫生机构要贯彻城镇医药卫生体制改革精神，履行对农村卫生技术指导的职责，发挥培训农村卫生人才的作用。区县(自治县、市)级预防保健机构，要把预防保健工作深入到农村基层，加强对乡(镇)村防保工作的检查和督导，提高工作效率和质量；区县(自治县、市)级医疗机构要承担乡(镇)村卫生机构的转诊任务，解决农民危重、疑难病症的诊治；区县(自治县、市)级卫生行政执法机构要根据卫生监督体制改革的要求，加大监督执法力度，为规范和整顿医疗市场秩序服务。有条件的区县(自治县、市)，可在乡(镇)派驻或委托卫生监督执法人员，加强对农村公共卫生和卫生机构的监督。
乡(镇)卫生院要坚持预防保健工作与医疗服务相结合，确保公共卫生工作的落实，提高基本医疗服务水平，增强服务能力。条件成熟的乡(镇)卫生院可以逐步转向社区卫生服务，建立农村社区卫生服务中心，或在辖区中心村设立农村社区卫生服务站，拓宽服务领域。除中心卫生院外，乡(镇)卫生院一般不向综合医院模式发展。
