(二)对于稽查出的所得不得用于弥补以前年度的亏损和作为计提公益、救济性捐赠的基数。
(三)在减免税期间查出的问题，属于盈利年度查增所得额部分，对减税企业、单位要按规定补税、罚款，对免税企业、单位可只作罚款处理；属于亏损年度多报亏损的部分，应按照新《税收征管法》的有关规定进行处理。
七、总机构管理费的扣除问题
(一)企业提取的总机构管理费按照
国家税务总局《总机构提取管理费税前扣除审批办法》(国税发[1996]177号)和国家税务总局《关于总机构管理费税前扣除审批办法的补充通知》(国税函[1999]136号)规定执行。
(二)集体企业管理费的扣除问题
根据并参照《
国家税务总局关于轻工集体企业主管部门提取管理费问题的通知》(国税函[2000]554号)规定，2001年集体企业向主管部门上交的“总机构管理费”准予税前扣除，具体比例如下：
城镇集体工业企业，不超过产品年销售收入的1%；
城镇集体非工企业，不超过年营业收入的0.5%；
区、县供销社企业，不超过年销售收入的0.6%；
供销社各公司企业，不超过年销售收入的1.5%；
乡镇企业，不超过年销售收入的0.1%；
(三)总机构收取管理费年终有结余的，应按规定缴纳企业所得税，税后余额全部转为下一年度使用，并相应核减下一年数额。企业按规定提取的管理费应及时上交给总机构，而当年已提取的管理费年末仍没上交的，应调整当年应纳税所得额。
八、关于企业住房制度改革中有关所得税问题
企业进行住房货币分配，按照市政府《批转市城镇住房制度改革办公室关于全面推进住房货币分配工作实施意见的通知》(津政发[2001]59号)、《印发天津市进一步深化城镇住房制度改革实施办法的通知》(津政发[1999]38号)及国家税务总局《关于企业住房制度改革中涉及的若干所得税业务问题的通知》(国税发[2001]39号)有关规定执行。
企业按照天津市城镇住房制度改革领导小组《关于印发〈关于调整2000年住房公积金缴存额的通知〉的通知》(津房改[2000]5号)规定，2001年，按2000年月平均工资总额8%为本企业职工缴纳的住房公积金，可在税前扣除。
